如何使用Windows在php上運行blast

Question

我正在嘗試在php程序中運行blast，但是沒有任何結果。 我以前從未使用過blast，所以我不確定該怎么做。 我正在使用Windows，並且工作正常，但是當我嘗試通過php運行它時，沒有任何結果。 這是我的代碼：

$texto = "7 qseqid qseq sseqid sseq evalue bitscore";
$cmd = "blastp -query -test_query.fa -db notas.fa -task blastp -outfmt '.$texto.' -out musica1.fa  2>&1";
$result = shell_exec($cmd);
print_r ($result);

我想要的是在notas.fa數據庫中搜索test_query.fa，並將結果放在musica1.fa上。 但是我的musica1.fa文件沒有任何內容。 有人可以幫我嗎？ 我真的在這里迷路了。 我剛剛告訴過您的文件位於目錄中，我是否應該在其中包含其他文件才能正常工作？ 當我運行此代碼時，收到以下消息：

'Blastp'無法識別為內部或外部命令，可操作程序或批處理文件。

Answer 1

我假設當您說“在Windows上”時，是指在命令終端中，而在“我的php程序中”是指在運行blastp並通過命令終端運行php腳本的Windows計算機上運行。

您的用戶似乎遇到了環境路徑問題，但未為php腳本設置此問題。*

嘗試使用php腳本中blastp可執行文件的完整路徑名，例如：

$cmd = "C:/full/path/to/blastp ...";

我認為您可以在命令終端中使用where blast*來查找程序的路徑（如果您不知道的話）。