模擬JAGS / r2jags中的數據

Question

是否有可能將JAGS誤用作從具有已知參數的模型生成數據的工具？ 我需要從預定義的模型中采樣數據點，以便進行仿真研究並測試我在R中開發的模型的功能。

不幸的是，該模型有些棘手（帶有AR和VAR組件的分層結構），我無法直接在R中模擬數據。在互聯網上搜索時，我發現了一篇博客文章 ，其中的數據是使用data{}在JAGS中生成的data{}區塊JAGS。 在帖子中，作者隨后直接在JAGS中估算了該模型。 由於我的模型在R中，因此我想將數據不使用model{}塊傳回到R中。 這可能嗎？

最好，贏

Answer 1

沒有特別的理由需要使用數據塊以這種方式生成數據-模型塊可以很容易地以“反向”方式基於固定參數生成數據。 只需將參數指定為JAGS的“數據”，並監視模擬的數據點（並根據需要的數據集運行盡可能多的迭代-可能僅為1！）。

話雖如此，原則上您可以使用數據塊或模型塊（或兩者的組合）來模擬數據，但是您需要具有一個模型塊（即使它是簡單且無關的模型）才能運行JAGS。 例如，以下使用數據塊來模擬一些數據：

txtstring <- '
data{
    for(i in 1:N){
        Simulated[i] ~ dpois(i)
    }
}

model{
    fake <- 0
}
#monitor# Simulated
#data# N
'


library('runjags')

N <- 10
Simulated <- coda::as.mcmc(run.jags(txtstring, sample=1, n.chains=1, summarise=FALSE))
Simulated

唯一真正的區別是，數據塊僅更新一次（在仿真開始時），而模型塊在每次迭代時更新。 在這種情況下，我們只抽取1個樣本，所以沒關系，但是如果您想在同一JAGS運行中生成模擬數據的多個實現，則必須將代碼放入模型塊中。 [數據塊和模型塊之間可能還存在其他差異，但我想不到任何有用的東西]。

請注意，您將以不同的格式將數據從JAGS中取出（單個向量，其名稱給出了被監視數據中任何數組的索引），因此可能需要一些工作才能將其返回到向量/數組的列表中/ R中的任何內容。編輯：除非R2jags為此提供了一些實用程序-我不確定，因為我不使用該軟件包。

Answer 2

使用模型塊運行模擬多個數據集的單個MCMC鏈會存在問題，因為MCMC樣本通常是相關的。 （使用先前的樣本繪制每個后續樣本）。 對於模擬研究，您希望從分布中生成獨立的樣本。 可行的方法是遞歸地使用數據或模型塊，例如在for循環中，這將確保您的樣本獨立。