R-從多個文件中剪切特定的列並將它們綁定在一起

Question

我有多個文件（30個，以制表符分隔），看起來像下面的文件：

|target_id | length| eff_length| est_counts| tpm| |:------------|------:|----------:|----------:|--------:| |LmjF.27.1250 | 966| 823.427| 2932| 94.7314| |LmjF.09.0430 | 1410| 1267.430| 3603| 75.6304| |LmjF.13.0210 | 2001| 1858.430| 4435| 63.4897| |LmjF.28.0530 | 4083| 3940.430| 7032| 47.4778| |LmjF.16.1400 | 591| 448.577| 1163| 68.9761| |LmjF.29.2570 | 1506| 1363.430| 11135| 217.2770|

我正在嘗試使用以下命令從所有30個文件中切掉第五列：

fifth_colum_file1 = file1.csv[ , 5]

但是我想使過程更加自動化。

我要使用的文件具有所有模式“ bs_abundance”，因此，我認為一個不錯的出發點是使用以下命令加載要使用的所有文件：

temp = list.files(pattern="*bs_abundance")

或者也許我也可以將要使用的所有表直接直接加載到工作空間中：

for(i in temp) { x <- read.table(i, header=TRUE, comment.char = "A", sep="\\t") assign(i,x)
}

然后，如前所述，我想剪切每個文件的第五列，以便以后將它們全部綁定到具有相同行數的另一個表。

Answer 1

將文件放入文件夾。 對於本示例，我們將其稱為temp 。 適當設置工作目錄，或為以下示例指定完整路徑。

cols  <- as.character()
files <- dir("temp")
for(i in files){
 # You didn't mention a file type, but let's say it's csv
 tmp  <- read.csv(files[i], header = T)
 tmp  <- tmp[, 5]
 cols <- cbind(cols, tmp) 
}

然后，您可以將cols的列與最終數據對象cbind在一起。

Answer 2

這是使用lapply的方法，該方法假定文件夾中的每個文件具有相同的行數。

# get file names
files <- dir("temp")
# remove one file
files <- files[-which(files == "removeFileName")]
# get list of vectors from 29 files
myList <- lapply(files, function(i) {temp <- read.csv(i); temp[, 5]})
# get new data.frame
dfDone <- do.call(data.frame, myList)