在python中使用變量作為新文件名的一部分

Question

我是python的新手，我的python腳本（split_fasta.py）有問題。 這是我的問題的一個例子：

list = ["1.fasta", "2.fasta", "3.fasta"]
for file in list:
    contents = open(file, "r")
    for line in contents:
        if line[0] == ">":
            new_file = open(file + "_chromosome.fasta", "w")
            new_file.write(line)

我已經把程序的底部留下了，因為它不需要。 我的問題是，當我運行這個程序與我的fasta123文件相同時，它的效果很好：

python split_fasta.py * .fasta

但是，如果我在不同的目錄中，並且我希望程序將新文件（例如1.fasta_chromsome.fasta）輸出到我當前的目錄......它不會：

python /home/bin/split_fasta.py /home/data/*.fasta

這仍然會在與fasta文件相同的目錄中創建新文件。 這里的問題我肯定是這一行：

new_file = open(file + "_chromosome.fasta", "w")

因為如果我改成它：

new_file = open("seq" + "_chromosome.fasta", "w")

它在我當前的目錄中創建一個輸出文件。

我希望這對你們中的一些人有意義，我可以得到一些建議。

Answer 1

您將提供舊文件的完整路徑以及新名稱。 所以基本上，如果file == /home/data/something.fasta ，輸出文件將是file + "_chromosome.fasta" ，即/home/data/something.fasta_chromosome.fasta

如果在file使用os.path.basename ，您將獲得該文件的名稱（即在我的示例中， something.fasta ）

來自@Adam Smith

您可以使用os.path.splitext來刪除.fasta

 basename, _ = os.path.splitext(os.path.basename(file)) 

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回到代碼示例，我看到了Python中不推薦的很多東西。 我會詳細介紹。

避免隱藏內置名稱，例如list ， str ， int ......它不是明確的，可能會在以后導致潛在的問題。

打開文件進行讀寫時，應使用with語法。 強烈建議這樣做，因為它會關閉文件。

with open(filename, "r") as f:
    data = f.read()
with open(new_filename, "w") as f:
    f.write(data)

如果文件中有空行，則line[0] == ...將導致IndexError異常。 請改用line.startswith(...) 。

最終代碼：

files = ["1.fasta", "2.fasta", "3.fasta"]
for file in files:
    with open(file, "r") as input:
        for line in input:
            if line.startswith(">"):
                new_name = os.path.splitext(os.path.basename(file)) + "_chromosome.fasta"
                with open(new_name, "w") as output:
                    output.write(line)

通常，人們會來找我並說“ 那是丑陋的 ”。 並不是的 ：）。 縮進的級別清楚地表明了什么是上下文。