在R中的system2命令中發送JSON文件？

Question

我正在嘗試通過使用system2命令從R調用python。 我正在嘗試將R中的數據幀轉換為JSON格式，然后通過system2命令將其傳遞。

對於一個簡單的示例，給定數據幀df：

A  B  C 
1  2  3 
4  5  6 

然后，使用“ jsonlite”將“ df”轉換為json格式。

df_converted = jsonlite::toJSON(df)

然后，我想使用一個簡單的system2命令。

path_to_script  = "C:/myscript.py"
allArgs = c(path_to_script, df_converted)
system2('python', args = allArgs, stdout=TRUE)

由於我在問一個R問題，所以我覺得包括python代碼並不適合，但無論如何都沒有關系。

我認為問題可能是我不能包含帶有嵌入式引號的參數，這對於小型數據框而言是一種簡單的解決方法，但對於大型數據幀而言則根本不可行。 所以我的問題是，在不刪除所有引號的情況下，有什么方法可以在此system2命令中將JSON文件作為參數發送嗎？

Answer 1

如果我們制作一個bash腳本：

#!/bin/bash
echo $1 | jq '.'

並將其放在/tmp （即/tmp/example.sh ）中，然后執行以下操作：

library(jsonlite)

df <- read.table(text="A  B  C 
1  2  3
4  5  6", header=TRUE) 

system2("/tmp/example.sh", shQuote(toJSON(df)))

我們在R控制台中獲得此信息：

[
  {
    "A": 1,
    "B": 2,
    "C": 3
  },
  {
    "A": 4,
    "B": 5,
    "C": 6
  }
]

您有需要使用Python的不幸，因此我們還將提出：

#!/usr/local/bin/python3

from sys import argv
import json

param = json.loads(argv[1])

print(json.dumps(param, indent=4)) # larger indent than jq's default

在/tmp/example.py ，將R腳本中的行更改為：

system2("/tmp/example.py", shQuote(toJSON(df)))

並得到：

[
    {
        "A": 1,
        "B": 2,
        "C": 3
    },
    {
        "A": 4,
        "B": 5,
        "C": 6
    }
]

在R控制台中，因此可以正確傳遞JSON。

我同意@ r2evans的觀點，如果您有不錯的JSON塊並且可以修改您需要調用的腳本，則從長遠來看，將JSON保存到臨時文件並從臨時文件中讀取可能會更好。