Rstudio / pandoc 問題 - 無法編織到 HTML 或 PDF

Question

我不能再編織到 HTML 或 PDF，盡管它曾經工作得很好。 這是我不斷收到的錯誤：

pandoc: out of memory (requested 1048576 bytes)
Error in strsplit(version_info, "\n")[[1]] : subscript out of bounds
Calls: <Anonymous> ... pandoc_available -> find_pandoc -> lapply -> FUN -> get_pandoc_version
In addition: Warning message:
running command ''/usr/lib/rstudio/bin/pandoc/pandoc' --version' had status 1 
Execution halted

我曾經有 Rstudio 0.999.903，我卸載了它，然后安裝了 1.0.44 版本，通過 Rstudio 重新安裝了 knitr 包，但我再次收到此錯誤。

我使用 debian 包安裝程序從 git 存儲庫安裝了 pandoc 1.18-1，同樣的問題。

后來我將 Rstudio 更新到 1.0.136 版，將 pandoc 更新到 1.19.2.1 版，沒有任何變化。

我嘗試卸載 R 並重新安裝更新的版本，但沒有成功。

命令行工作：

library(rmarkdown)
rmarkdown::render("test.Rmd", "html_document")

——

我正在使用 Debian (LMDE2)。

Answer 1

我終於明白了！

似乎這個錯誤是在 2 年前由 Arch 用戶在這里描述的。

似乎這個錯誤是在 Debian 系統中使用 Rstudio 0.98+ 版引入的（我使用 LMDE Betsy）。

與 Rstudio 一起安裝的 pandoc 版本不起作用，當我手動安裝 pandoc 時，Rstudio 會堅持使用自己的損壞版本。 無論如何，解決方法是從 Rstudio 發行版中刪除可執行的 pandoc，並符號鏈接另一個版本的 pandoc：

apt-get install pandoc

rm /usr/lib/rstudio/bin/pandoc/pandoc
ln -s /usr/bin/pandoc /usr/lib/rstudio/bin/pandoc/pandoc

rm /usr/lib/rstudio/bin/pandoc/pandoc-citeproc
ln -s /usr/bin/pandoc-citeproc /usr/lib/rstudio/bin/pandoc/pandoc-citeproc

我在這里找到了這個解決方法。

該存儲庫具有 pandoc 版本 1.12，但更新的版本也可以使用。 我現在使用 pandoc 1.19.2.1 和 Rstudio 1.0.136。