解析PubMed與Entrez的發布數據的問題

Question

我正在嘗試使用Entrez將發布數據導入數據庫。 搜索部分工作正常，但當我嘗試解析時：

from Bio import Entrez

def create_publication(pmid):

    handle = Entrez.efetch("pubmed", id=pmid, retmode="xml")
    records = Entrez.parse(handle)
    item_data = records.next()
    handle.close()

...我收到以下錯誤：

文件“/venv/lib/python2.7/site-packages/Bio/Entrez/Parser.py”，第296行，解析引發ValueError（“XML文件不代表列表。請使用Entrez.read而不是Entrez .parse“）ValueError：XML文件不代表列表。 請使用Entrez.read而不是Entrez.parse

這段代碼以前一直工作到幾天前。 有什么想法可能會出錯嗎？

此外，查看源代碼（ http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.Entrez-pysrc.html ）並嘗試按照列出的示例，給出相同的錯誤：

from Bio import Entrez 
Entrez.email = "Your.Name.Here@example.org"
handle = Entrez.efetch("pubmed", id="19304878,14630660", retmode="xml")    
records = Entrez.parse(handle) 
for record in records: 
    print(record['MedlineCitation']['Article']['ArticleTitle']) 
handle.close()

Answer 1

正如其他評論和GitHub問題中所記錄的那樣，這個問題是由NCBI Entrez公用事業開發人員的故意改變引起的。 正如Jhird在本期中所述，您可以將代碼更改為以下內容：

from Bio import Entrez 
Entrez.email = "Your.Name.Here@example.org"
handle = Entrez.efetch("pubmed", id="19304878,14630660", retmode="xml")  

records = Entrez.read(handle)      # Difference here
records = records['PubmedArticle'] # New line here  

for record in records: 
    print(record['MedlineCitation']['Article']['ArticleTitle']) 
handle.close()