將SNOMED CT導入Neo4J

Question

我需要將SNOMED CT本體導入圖形數據庫，在本例中為Neo4J，但它最終可能是另一種選擇。

但是，為了實現這一點，我無法找到SNOMED CT底層關系數據模型的清晰描述。 或者至少是簡化的SQL視圖，它以可以映射到圖形數據庫的方式公開實體關系。

我非常感謝任何有關此事的指導或以前的經驗。

Answer 1

直接嘗試序列化關系數據模型可能會非常困難，並且會讓您遠離目標。

值得注意的是，SNOMED數據實際上已經以RDF格式提供。 所以你得到了一個“免費”的圖形結構。

例如， 該項目以RDF格式提供數據，無論您選擇Titan還是Neo4j，將RDF數據放入圖表都非常簡單。

邊注：

我的一位同事實際上已經將SNOMED數據導入Grakn Graph ，這是我們都在研究的語義圖系統。 如果您有興趣，可以在這里查看他的作品。 Grakn是一個在Titan之上運行的語義圖解決方案。

Answer 2

實際上有三個表，概念，描述和關系

你會在這里找到它們： https ： //confluence.ihtsdotools.org/display/DOCTIG/3.1.+Components

最重要的是關系與概念，描述和概念之間的關系。

Answer 3

如果您正在尋找有關如何將概念，描述和關系建模到圖形數據庫中的示例。 我在Github有一個示例項目，可以將Snomed數據上傳到Neo4j數據庫。

https://github.com/pradeepvemulakonda/Snomed

在進入實現細節之前，我建議您嘗試使用以下Snomed數據瀏覽器

http://ontoserver.csiro.au/shrimp/

一旦您了解了概念和關系，您就可以完成實施。 您可以使用以下要點來了解如何在Neo4j中查詢上載的概念和關系。

https://neo4j.com/graphgist/95f4f165-0172-4b3d-981b-edcbab2e0a4b#listing_category=health-care-and-science

Answer 4

可以使用NIH發布的UMLS（統一醫學語言系統）將SNOMED加載到MySQL中。 一旦加載，表MRREL就包含了SNOMED節點之間的所有關系。 如果你想在Neo4j中立即加載它，你可以完全跳過MySQL步驟並直接使用UMLS RRF文件。 RRF文檔格式不是很好，但文件很容易解析表格文本。