使用ggplot2在熱圖中繪制級別

Question

我在第一列中有一個帶有多個樣本的數據框，在第二列中有一個具有22個級別的因子。 head（df）的示例輸出：

  Sample    Chromosome
1  Sample2         chr10
2  Sample2         chr9
3  Sample3         chr10
4  Sample3         chr20
5  Sample3         chr10
6  Sample1         chr1

由於正常圖有很多數據，我打算對每個樣品的chr10分布進行熱圖繪制。 例如Sample2在chr10上出現2000次。

我希望ggplot可以接受帶有水平的chr因子，但是它沒有。

這是我嘗試過的：

ggplot(GenomereportTrim,aes(Sample,Chromosome))+
  geom_tile(aes(fill=Chromosome),color = "white")+
  scale_fill_gradient(low = "white",high = "steelblue")

大約有50個獨特的樣本，它們在22個染色體因子水平上有一定的分布。

任何幫助，將不勝感激。 謝謝！

Answer 1

如果我對您的理解正確，那么您需要一個Sample×Chromosome圖，其填充顏色對應於每個染色體的樣本數。 通過使用2D分箱統計信息可以輕松實現：

ggplot(data) +
    aes(Sample, Chromosome) +
    geom_bin2d()