R軟件包安裝失敗，無法找到現有的dylib

Question

將R安裝到自定義位置（./configure --prefix = $ HOME / RTargets / 3.3）。 一切正常，但是install.packages（'devtools'）失敗。 消息是：

installing via 'install.libs.R' to /Users/me/Library/R/3.3/library/stringi
** R
** inst
** preparing package for lazy loading
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
Error in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...) : 
  unable to load shared object '/Users/me/Library/R/3.3/library/stringi/libs/stringi.so':
  dlopen(/Users/me/Library/R/3.3/library/stringi/libs/stringi.so, 6): Library not loaded: libicui18n.58.dylib
  Referenced from: /Users/me/Library/R/3.3/library/stringi/libs/stringi.so
  Reason: image not found
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/Users/me/Library/R/3.3/library/stringi’

但是，此文件存在：

/usr/local/lib>ls -l libicui18n*
-rwxr-xr-x  1 eqiaz44  admin  2679892 Mar  2 23:50 libicui18n.58.1.dylib
lrwxr-xr-x  1 eqiaz44  admin       21 Nov 11 14:14 libicui18n.58.dylib -> libicui18n.58.1.dylib
lrwxr-xr-x  1 eqiaz44  admin       21 Nov 11 14:14 libicui18n.dylib -> libicui18n.58.1.dylib

我無法弄清楚為什么軟件包的加載過程找不到dylib文件，因為它位於默認位置。 由於它被刪除，我無法檢查stringi.so文件引用的外觀。

有沒有辦法告訴R在安裝失敗或發生這種情況的某些原因時不要刪除文件？

Answer 1

我嘗試了幾次以完全刪除R並重新安裝它，但是沒有運氣。 即使不將R構建為共享庫，而僅使用默認配置設置，問題仍然存在。 我確認下面的解決方案在構建標准安裝和共享庫時有效。

在這里看到倒數第二段后，我能夠使它工作

出於某種原因，R函數dyn.load（...）似乎沒有使用標准OS（Mac Sierra）庫路徑。 我可以通過修改R在加載庫時使用的路徑來使其工作。

RHOME / etc / ldpaths中腳本的頂部看起來像這樣：

if test -n ""; then 
: ${R_LD_LIBRARY_PATH=${R_HOME}/lib:}
else
: ${R_LD_LIBRARY_PATH=${R_HOME}/lib}
fi

我添加了正在加載庫的位置，重新啟動了R並安裝了軟件包

if test -n ""; then
: ${R_LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:${R_HOME}/lib:}
else
: ${R_LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/lib:${R_HOME}/lib}
fi

當檢測到Darwin時，R configure腳本（我在3.3.1和3.3.2中嘗試過）會跳過對R庫路徑的配置。 它有一個注釋，說明腳本假定默認的OS路徑查找將正常進行，並且設置任何值都會改變其行為。

我不確定斷開連接的位置：這是dyn.load的錯誤，操作系統行為的更改還是其他原因。 通過在./configure或make階段設置變量來解決此問題可能是一種更好的方法，但是我無法解決。

Answer 2

采用：

./configure --prefix=$HOME/RTargets/3.3 --enable-R-shlib

設置為使用自定義目錄時，需要啟用共享庫選項。

推薦讀物： RStudio Building R從源頭開始

https://support.rstudio.com/hc/zh-CN/articles/218004217-Building-R-from-source