蟒蛇; 將字典與每個字典合並到輸出csv文件的新列中

Question

使用以下腳本，我將3個文件解析為python中的一個字典。 詞典沒有所有相似的鍵，我想在輸出的csv文件的新列中添加每個詞典的值。 因此，鍵必須全部放在一列中，然后是每列都包含不同字典值的列。 我的腳本的問題是僅在存在值的情況下附加值，結果是不同字典的值位於輸出csv文件的錯誤列中。 我的腳本如下：

  def get_file_values(find_files, output_name):
        for root, dirs, files in os.walk(os.getcwd()):
            if all(x in files for x in find_files):
                outputs = []
                for f in find_files:
                    d = {}
                    with open(os.path.join(root, f), 'r') as f1:
                        for line in f1:
                            ta = line.split()
                            d[ta[1]] = int(ta[0])
                    outputs.append(d)

                d3 = defaultdict(list)
                for k, v in chain(*(d.items() for d in outputs)):
                    d3[k].append(v)

                with open(os.path.join(root, output_name), 'w+', newline='') as fnew:
                    writer = csv.writer(fnew)
                    writer.writerow(["genome", "contig", "genes", "SCM", "plasmidgenes"])
                    for k, v in d3.items():
                        fnew.write(os.path.basename(root) + ',')
                        writer.writerow([k] + v)
                        print(d3)

    get_file_values(['genes.faa.genespercontig.csv', 'hmmer.analyze.txt.results.txt', 'genes.fna.blast_dbplasmid.out'], 'output_contigs_SCMgenes.csv')

我現在的輸出是：

genome contig  genes   SCM     plasmidgenes
Linda     9     359     295    42
Linda     42    1       2      
Linda     73    29      5   
Linda     43    17      6   
Linda     74    4       
Linda     48    11      
Linda     66    27      

我想擁有它；

genome contig  genes   SCM     plasmidgenes
Linda     9     359     295    42
Linda     42    1       2      0
Linda     73    0       29     5    
Linda     43    17      0      6    
Linda     74    0       0      4        
Linda     48    0       11     0    
Linda     66    27      0      0

Answer 1

最簡單的解決方法：檢查該值是否存在，是否將其追加，否則將0追加到數據數組。

可能是更復雜的修復：使用其他數據結構，例如Pandas或類似於數據的二維數組。

二維數組的示例：

您將首先遍歷文件，並用d3[lineNumber][key]填充d3數組。 例如d3[0]['genome']將是您的第一行第一列。

然后，您應該可以使用以下代碼塊輸出文件：

with open(os.path.join(root, output_name), 'w+', newline='') as fnew:
    writer = csv.writer(fnew)

    # write header row
    header = ""
    for k, v in d3[0].items():
        header += k + ','
    writer.writerow(header)

    # write data rows
    for key, row in d3.items():
        line = ""
        line += os.path.basename(root)
        for k, v in row.items():
            line += ',' + v
        writer.writerow(line)