繪制有關兩個顏色參數的離散數據

Question

我進行了主成分分析，現在將結果繪制在R中（將2514個人的第一主成分與第二主成分作圖，並對與6個超種群有關的所有點進行着色以使群集可視化）。 R默認顏色很好，但是我特別需要一個超級人群來突出顯示，因此我想將其着色為黑色。 我不在乎其他5。

我在應用所學到的關於自定義調色板和使用ggplot進行繪圖方面遇到了麻煩。 我試圖創建一個新的調色板，但是在語法中混合這兩種方式時遇到了麻煩。 我必須告訴程序（1）為涉及其超級填充信息的每個點上色，以及（2）使用這個新的調色板mypalette，但是在繪圖語法中，兩個信息都必須在“ col”參數中，但是我想放兩個。 到目前為止，這里的代碼沒有實現我想要的：

Superpopulations<-PC$Superpop
mypalette=c("blue","violetred1","green1","darkorchid1","yellow1","black")

mypal=discrete_scale(aesthetics = Superpulations, scale_name = "Superpopulations", palette = mypalette)

superpopulation<-qplot(newPC2$PC1,newPC2$PC2, col=mypal, main = NULL ,xlab= NULL, ylab=NULL, size=I(2.5))
superpopulation + theme(legend.position="bottom")

我還嘗試僅提取URUS並使用命令points（）將它們單獨繪制成黑色，並覆蓋其他點：

points(PCsurus2$PC1, PCsurus2$PC2, col="black")

但是我看不到情節有任何變化。

PC是一個數據幀，其中前兩列是主成分值1和2，另一列是Superpop，帶有超級人群的名稱標簽（例如“ URU”，“ EUR”）。 在這里，我離開圖表。 我想將URU顏色從紅色更改為黑色，以突出顯示該人群

Answer 1

我建議不要使用qplot ，它會教給您不良習慣，並且會使您無法qplot語法的原理。 ggplot()版本如下所示：

ggplot(newPC2, aes(PC1, PC2, Superpulation)) +            #Copied your misspelling(!)
  geom_point(size = 2.5) +
  scale_color_manual(values = mypal) +
  theme(legend.position="bottom")