如何從python傳遞許多bash命令？

Question

嗨，我正在嘗試從python調用以下命令：

comm -3 <(awk '{print $1}' File1.txt | sort | uniq) <(awk '{print $1}' File2.txt | sort | uniq) | grep -v "#" | sed "s/\t//g"

當comm命令的輸入也通過管道傳輸時，如何進行調用？

有沒有簡單而直接的方法呢？

我嘗試了子流程模塊：

subprocess.call("comm -3 <(awk '{print $1}' File1.txt | sort | uniq) <(awk '{print $1}' File2.txt | sort | uniq) | grep -v '#' | sed 's/\t//g'")

沒有成功，它說：OSError：[Errno 2]沒有這樣的文件或目錄

還是我必須單獨創建不同的調用，然后使用PIPE傳遞它們，如子流程文檔中所述：

p1 = Popen(["dmesg"], stdout=PIPE)
p2 = Popen(["grep", "hda"], stdin=p1.stdout, stdout=PIPE)
p1.stdout.close()  # Allow p1 to receive a SIGPIPE if p2 exits.
output = p2.communicate()[0]

Answer 1

進程替換（ <() ）是僅bash的功能。 因此，您需要一個shell，但它不能僅僅是任何shell（例如/bin/sh ，在非Windows平台上被shell=True使用），它必須是bash 。

subprocess.call(['bash', '-c', "comm -3 <(awk '{print $1}' File1.txt | sort | uniq) <(awk '{print $1}' File2.txt | sort | uniq) | grep -v '#' | sed 's/\t//g'"])

順便說一句，如果你打算是想與任意文件名的這條路線，傳遞出來的帶外（如下圖所示：傳遞_為$0 ， File1.txt為$1 ，和File2.txt為$2 ）：

subprocess.call(['bash', '-c',
  '''comm -3 <(awk '{print $1}' "$1" | sort | uniq) '''
  '''        <(awk '{print $1}' "$2" | sort | uniq) '''
  '''        | grep -v '#' | tr -d "\t"''',
  '_', "File1.txt", "File2.txt"])

---

也就是說，最佳實踐方法的確是您自己建立鏈。 下面是與Python 3.6測試（注意需要對pass_fds參數subprocess.Popen使簡稱通過文件描述符/dev/fd/##提供鏈接）：

awk_filter='''! /#/ && !seen[$1]++ { print $1 }'''

p1 = subprocess.Popen(['awk', awk_filter],
                      stdin=open('File1.txt', 'r'),
                      stdout=subprocess.PIPE)
p2 = subprocess.Popen(['sort', '-u'],
                      stdin=p1.stdout,
                      stdout=subprocess.PIPE)
p3 = subprocess.Popen(['awk', awk_filter],
                      stdin=open('File2.txt', 'r'),
                      stdout=subprocess.PIPE)
p4 = subprocess.Popen(['sort', '-u'],
                      stdin=p3.stdout,
                      stdout=subprocess.PIPE)
p5 = subprocess.Popen(['comm', '-3',
                       ('/dev/fd/%d' % (p2.stdout.fileno(),)),
                       ('/dev/fd/%d' % (p4.stdout.fileno(),))],
                      pass_fds=(p2.stdout.fileno(), p4.stdout.fileno()),
                      stdout=subprocess.PIPE)
p6 = subprocess.Popen(['tr', '-d', '\t'],
                      stdin=p5.stdout,
                      stdout=subprocess.PIPE)
result = p6.communicate()

這是很多代碼，但是（假設文件名在現實世界中已被參數化），它也是更安全的代碼-您不容易受到像ShellShock這樣的由啟動shell的簡單動作觸發的bug的攻擊，並且不要無需擔心會帶外傳遞變量以避免注入攻擊（除非是腳本語言解釋程序本身的命令參數（如awk的上下文中）。

---

也就是說，要考慮的另一件事是僅在本機Python中實現整個事情。

lines_1 = set(line.split()[0] for line in open('File1.txt', 'r') if not '#' in line)
lines_2 = set(line.split()[0] for line in open('File2.txt', 'r') if not '#' in line)
not_common = (lines_1 - lines_2) | (lines_2 - lines_1)
for line in sorted(not_common):
  print line

Answer 2

還結帳鉛。 讓生活更輕松

http://plumbum.readthedocs.io/en/latest/

流水線

這可能是錯誤的，但是您可以嘗試以下操作：

from plumbum.cmd import grep, comm, awk, sort, uniq, sed 
_c1 = awk['{print $1}', 'File1.txt'] | sort | uniq
_c2 = awk['{print $1}', 'File2.txt'] | sort | uniq
chain = comm['-3', _c1(), _c2() ] | grep['-v', '#'] | sed['s/\t//g']
chain()

讓我知道這是否出錯，將嘗試修復它。

編輯：正如我指出的那樣，我錯過了替換的事情，我認為必須通過將以上命令輸出重定向到一個臨時文件，然后在comm參數中使用該文件來明確地完成替換。

因此，以上內容實際上變為：

from plumbum.cmd import grep, comm, awk, sort, uniq, sed 
_c1 = awk['{print $1}', 'File1.txt'] | sort | uniq
_c2 = awk['{print $1}', 'File2.txt'] | sort | uniq
(_c1 > "/tmp/File1.txt")(), (_c2 > "/tmp/File2.txt")()
chain = comm['-3', "/tmp/File1.txt", "/tmp/File2.txt" ] | grep['-v', '#'] | sed['s/\t//g']
chain()

另外，也可以通過使用mkfifo使用@charles描述的方法。