默認R個人庫位置為空

Question

我將我的Ubuntu 16.04機器更新為R 3.4.1。 當安裝第一個非必需的包（例如，lubridate）時，我收到了以下消息：

你想創建一個個人庫'null'來安裝包嗎？

這發生在RStudio和命令行R.我通過apt-get卸載了r-base-core並重新安裝了r-base和r-base-dev ，但仍然存在問題。

我注意到/etc/R/目錄包含四個在安裝過程中暫時存在的短暫文件，但是在apt-get install r-base r-base-dev完成時已經消失了。 我重新安裝，以便快速抓取並粘貼這些文件到桌面。 重新安裝后，我將它們復制到/etc/R/中：

~/Desktop/temp$ sudo cp repositories.dpkg-new /etc/R/repositories
~/Desktop/temp$ sudo cp Rprofile.site.dpkg-new /etc/R/Rprofile.site
~/Desktop/temp$ sudo cp ldpaths.dpkg-new /etc/R/ldpaths
~/Desktop/temp$ sudo cp Makeconf.dpkg-new /etc/R/Makeconf

第二步是取消注釋下面的第二步，如/etc/R/Renviron 。 顯然這是@ dirk-eddelbuettel最近對r-base包裝的改變。

# edd Jun 2017  Comment-out R_LIBS_USER
#R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4'}
##R_LIBS_USER=${R_LIBS_USER-'~/Library/R/3.4/library'}

我有一個由兩部分組成的問題：

1. 是上面推薦的過程，還是我應該采取不同的做法？ （例如，沿着設置R_LIBS並避免“您想要使用個人庫嗎？” 。）
2. 這台機器的未來R升級可能需要這兩個步驟嗎？

Answer 1

你很親密 問題在於“注釋掉”這些行，而不檢查兼容性。 如果您嘗試在REPL中手動安裝庫，則會出現同樣的問題，例如：

install.packages("survival")

區別在於您得到“NA”錯誤而不是“null”。

如果您想要最小的麻煩，未來R升級的解決方案：

• 將/ etc / R / Renviron恢復到軟件包默認值，以便下次升級時不會要求輸入（或只是覆蓋）

• 在主目錄中添加Renviron，例如$HOME/.Renviron ，其中包含以下內容：

R_LIBS_USER="${HOME}/R/${R_PLATFORM}-library/3.4.1/"

就個人而言，每次R升級我都會用新版本重新安裝所有庫。 因此，我將使用3.4.2或任何新版本修改3.4.1 ，然后重新安裝庫。

如果您不想重新安裝庫，可以嘗試完全刪除版本子目錄，例如：

R_LIBS_USER="${HOME}/R/${R_PLATFORM}-library/

這樣你的舊圖書館就會立刻被R.看到

注意：遺憾的是，我無法找到將R版本放入Renviron的方法，但這可以使用.Rprofile來實現（因為它可以包含R代碼）。

Answer 2

在您的計算機上，您當前的庫以R版本命名。

例如，我目前的lib是：

.libPaths()
[1] "/home/colin/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3"

因為我目前的R版本是3.3。

所以，是的，每次你更新R，你都會遇到這個lib問題。 請注意，您可以使用.libPaths(new = "path/to/your/lib")設置舊庫的路徑，或者將舊庫復制並粘貼到新庫中。

科林

Answer 3

我發現對我來說最合適的解決方案是編輯/etc/R/Renviron.site ：

# nano /etc/R/Renviron

並取消注釋設置R_LIBS_USER環境變量的行。

Etvoilà！

我可以再次在R中使用library() ， require()和install.packages() 。