將defaultdict（list）寫入文件

Question

以前問過一個問題使用defaultdict來解析多分隔符文件

雖然我確實根據代碼獲得了所需的輸出，但我很難將其作為表格中的表格寫入文件

         count pos _pos _neg
31022550     
31022550    
31022550    
31022550

IDS：

for key, rows in ids.iteritems():
     for row in rows:
         print '{}\t{}'.format(key, row)

31022550    {'count': '0', 'base': '=', 'pos': '20', '_neg': '0', '_pos': '0'}
31022550    {'count': '2', 'base': 'A', 'pos': '20', '_neg': '0', '_pos': '2'}
31022550    {'count': '0', 'base': 'C', 'pos': '20', '_neg': '0', '_pos': '0'}
31022550    {'count': '1391', 'base': 'G', 'pos': '20', '_neg': '672', '_pos': '719'}
31022550    {'count': '1', 'base': 'T', 'pos': '20', '_neg': '1', '_pos': '0'}
31022440    {'count': '0', 'base': 'N', 'pos': '20', '_neg': '0', '_pos': '0'}
31022550    {'count': '2', 'base': '+A', 'pos': '20', '_neg': '0', '_pos': '2'}
31022551    {'count': '0', 'base': '=', 'pos': '20', '_neg': '0', '_pos': '0'}
31022551    {'count': '960', 'base': 'A', 'pos': '20', '_neg': '464', '_pos': '496'}
31022551    {'count': '0', 'base': 'C', 'pos': '20', '_neg': '0', '_pos': '0'}
31022551    {'count': '13', 'base': 'G', 'pos': '20', '_neg': '9', '_pos': '4'}
31022551    {'count': '0', 'base': 'T', 'pos': '20', '_neg': '0', '_pos': '0'}
31022551    {'count': '0', 'base': 'N', 'pos': '20', '_neg': '0', '_pos': '0'}
31022551    {'count': '288', 'base': '+G', 'pos': '20', '_neg': '117', '_pos': '171'}
31022551    {'count': '9', 'base': '+GG', 'pos': '20', '_neg': '4', '_pos': '5'}
31022551    {'count': '1', 'base': '+GGG', 'pos': '20', '_neg': '0', '_pos': '1'}

碼

with open('mycsvfile.csv', 'w') as f:
    writer = csv.writer(f)
    for k, v in ids.iteritems():
        writer.writerow([k] + v)

Answer 1

我會這樣做（python 2）：

with open('mycsvfile.csv', 'wb') as f:  # binary is better, avoids blank lines in some python 2 versions
    writer = csv.writer(f,delimiter="\t")
    keys=["count","pos","_pos","_neg"]
    writer.writerow([""]+keys)
    for k, vl in ids.iteritems():
        for v in vl:
            writer.writerow([k] + [v[key] for key in keys])

你需要一個雙循環來迭代每個鍵的列表。 我已經將列名存儲在一個列表中，所以我可以重用它來構建列表理解中的行以及標題（第一項沒有標題，我只是把它留空）

現在它看起來像這樣：

        count   pos     _pos    _neg
31022550        0       20      0       0
31022550        2       20      2       0
31022550        0       20      0       0

（稍微移位，因為制表符不夠寬，但讀回來不是問題）

Python 3用戶必須更改：

with open('mycsvfile.csv', 'wb') as f:

通過

with open('mycsvfile.csv', 'w',newline="") as f:

和

for k, vl in ids.iteritems():

通過

for k, vl in ids.items():  # also works in python 2

請注意， writerow雙循環可以替換為單行，雙循環，平面生成器理解傳遞給writerows ，執行速度更快：

writer.writerows([k] + [v[key] for key in keys] for k, vl in ids.items() for v in vl)