[英]Vectorized Rcpp rbinom with probabilities in Armadillo matrix
我有一個對角線條目為空的概率對稱矩陣。 假設類似
0 0.5 0.1 0.6
0.5 0 0.2 0.1
0.1 0.2 0 0.2
0.6 0.1 0.2 0
我想繪制一個虛擬矩陣,以便條目 [i,j] 的概率成為概率矩陣中的條目 [i,j]。 請注意,我擁有的概率矩陣是犰狳矩陣(一個大矩陣 5000x5000)。 當然,對角線虛擬變量應該為空,因為它們的概率為空。 我構建了兩個函數來做到這一點,但它們並不快。 我應該在循環中多次采樣這個矩陣。
mat binom1(mat& prob){
int n=prob.n_rows;
mat sample(n,n,fill::zeros);
NumericVector temp(2);
for(int i(0);i<n-1;++i){
for(int j(i+1);j<n;++j){
temp=rbinom(2,1,prob(i,j));
sample(i,j)=temp(0); sample(j,i)=temp(1);
}
}
return sample;
}
mat binom2(mat& prob){
int n=prob.n_rows;
mat sample(n,n);
for(int i(0);i<n;++i){
for(int j(0);j<n;++j){
sample(i,j)=as<double>(rbinom(1,1,prob(i,j)));
}
}
return sample;
}
兩者都比 R 中的矢量化 rbinom 慢。
z=matrix(runif(1000^2),1000) #just an example for 1000x1000 matrix
microbenchmark(rbinom(nrow(z)^2,1,z),binom1(z),binom2(z))
結果
expr min lq mean median uq max
rbinom(nrow(z)^2, 1, z) 95.43756 95.94606 98.29283 97.5273 100.3040 108.2293
binom1(z) 131.33937 133.25487 139.75683 136.4530 139.5511 229.0484
binom2(z) 168.38226 172.60000 177.95935 175.6447 180.9531 277.3501
有沒有辦法讓代碼更快?
我在這里看到一個例子。 但在我的情況下,概率在犰狳矩陣中
鑒於幾乎重復的答案,您可以使用:
mat binom3(const mat& prob) {
int n = prob.n_rows;
mat sample(n, n);
std::transform(prob.begin(), prob.end(), sample.begin(),
[=](double p){ return R::rbinom(1, p); });
return sample;
}
微基准:
Unit: milliseconds
expr min lq mean median uq max neval
rbinom(length(z), 1, z) 46.88264 47.28971 48.09543 47.66346 48.40734 65.29790 100
binom1(z) 76.98416 82.60813 84.93669 83.51432 84.04780 126.46992 100
binom2(z) 96.20707 98.59145 101.99215 99.56175 102.02750 153.04754 100
binom3(z) 34.01417 34.49066 35.12199 34.93946 35.47979 38.22539 100
非常感謝。 我也用過這個
umat binom4(mat& prob){
int n=prob.n_rows;
mat temp(n,n,fill::randu);
return (temp<prob);
}
我覺得它快一點
microbenchmark(rbinom(nrow(z)^2,1,z),binom1(z),binom2(z),binom3(z),binom4(z))
expr min lq mean median uq max neval
rbinom(nrow(z)^2, 1, z) 94.24809 95.29728 97.24977 95.86829 98.19758 108.30877 100
binom1(z) 130.20266 132.48951 138.07100 134.03693 137.34613 297.86393 100
binom2(z) 164.96716 168.17024 175.89784 170.29310 173.93890 338.99306 100
binom3(z) 64.57977 64.78340 67.03158 65.81533 67.42386 92.31300 100
binom4(z) 29.66925 31.44107 32.81296 31.77392 33.31575 55.65539 100
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