[英]Tidying table with multiple groups of wide columns, using tidyverse
我經常遇到這樣的情況:我的表包含多組寬列,如下所示:
replicate groupA VA1 VA2 groupB VB1 VB2
1 1 a 0.3429166 -2.30336406 f 0.05363582 1.6454078
2 2 b -1.3183732 -0.13516849 g -0.42586417 0.1541541
3 3 c -0.7908358 -0.10746447 h 1.05134242 1.4297350
4 4 d -0.9963677 -1.82557058 i -1.14532536 1.0815733
5 5 e -1.3634609 0.04385812 j -0.65643595 -0.1452877
我想將這些列變成一個長表,如下所示:
replicate group key value
1 1 a V1 0.34291665
2 2 b V1 -1.31837322
3 3 c V1 -0.79083580
4 4 d V1 -0.99636772
5 5 e V1 -1.36346088
6 1 a V2 -2.30336406
7 2 b V2 -0.13516849
8 3 c V2 -0.10746447
9 4 d V2 -1.82557058
10 5 e V2 0.04385812
11 1 f V1 0.05363582
12 2 g V1 -0.42586417
13 3 h V1 1.05134242
14 4 i V1 -1.14532536
15 5 j V1 -0.65643595
16 1 f V2 1.64540784
17 2 g V2 0.15415408
18 3 h V2 1.42973499
19 4 i V2 1.08157329
20 5 j V2 -0.14528774
我可以通過分別選擇兩組列,進行整理然后重新綁定在一起來實現此目的(下面的代碼)。 但是,這種方法似乎並不特別優雅,並且如果存在多於兩組的列,則將變得很麻煩。 我想知道是否存在使用單個管道數據轉換鏈的更優雅的方法。
這里的基本問題是:我們如何自動化將表分為幾列,整理一下然后重新組合在一起的過程。
我當前的代碼:
library(dplyr)
library(tidyr)
# generate example code
df_wide <- data.frame(replicate = 1:5,
groupA = letters[1:5],
VA1 = rnorm(5),
VA2 = rnorm(5),
groupB = letters[6:10],
VB1 = rnorm(5),
VB2 = rnorm(5))
# tidy columns with A in the name
dfA <- select(df_wide, replicate, groupA, VA1, VA2) %>%
gather(key, value, VA1, VA2) %>%
mutate(key = case_when(key == "VA1" ~ "V1",
key == "VA2" ~ "V2")) %>%
select(replicate, group = groupA, key, value)
# tidy columns with B in the name
dfB <- select(df_wide, replicate, groupB, VB1, VB2) %>%
gather(key, value, VB1, VB2) %>%
mutate(key = case_when(key == "VB1" ~ "V1",
key == "VB2" ~ "V2")) %>%
select(replicate, group = groupB, key, value)
# combine
df_long <- rbind(dfA, dfB)
1個
雖然這個問題問了tidyverse
的解決方案,有一個方便的選擇melt
從data.table
,也可以采取多種patterns
的measure
參數。
library(data.table)
setnames(melt(melt(setDT(df1), measure = patterns('group', 'VA', 'VB')),
id.var = 1:3)[, -4, with = FALSE], 2:3, c('key', 'group'))[]
2.一個
與tidyverse
我們可以子集的數據集到一個list
,然后通過循環list
與map_df
將其轉換為“長”格式與gather
得到一個data.frame
library(tidyverse)
list(df1[1:4], df1[c(1,5:7)]) %>%
map_df(~gather(., key, value, 3:4) %>%
{names(.)[2] <- 'group';.}) %>%
mutate(key = sub('(.).(.)', '\\1\\2', key))
# replicate group key value
#1 1 a V1 0.34291660
#2 2 b V1 -1.31837320
#3 3 c V1 -0.79083580
#4 4 d V1 -0.99636770
#5 5 e V1 -1.36346090
#6 1 a V2 -2.30336406
#7 2 b V2 -0.13516849
#8 3 c V2 -0.10746447
#9 4 d V2 -1.82557058
#10 5 e V2 0.04385812
#11 1 f V1 0.05363582
#12 2 g V1 -0.42586417
#13 3 h V1 1.05134242
#14 4 i V1 -1.14532536
#15 5 j V1 -0.65643595
#16 1 f V2 1.64540780
#17 2 g V2 0.15415410
#18 3 h V2 1.42973500
#19 4 i V2 1.08157330
#20 5 j V2 -0.14528770
2.b
如果我們需要根據“組”的出現進行split
split.default(df1[-1], cumsum(grepl('group', names(df1)[-1]))) %>%
map(~bind_cols(df1[1], .)) %>%
map_df(~gather(., key, value, 3:4) %>%
{names(.)[2] <- 'group';.}) %>%
mutate(key = sub('(.).(.)', '\\1\\2', key))
2.c
包含的rename_at
代替了tidyverse
選項精神的names
分配
df1[-1] %>%
split.default(cumsum(grepl('group', names(df1)[-1]))) %>%
map_df(~bind_cols(df1[1], .) %>%
gather(., key, value, 3:4) %>%
rename_at(2, funs(substring(.,1, 5))))
注意:
1) 2.a
, 2.b
, 2.c
使用了dydyverse函數
2)它不依賴於列名稱中的子字符串“ A”或“ B”
3)假設OP數據集中的模式將是“組”,后跟值列
1)該解決方案包括:
首先收集名稱以V開頭的列,然后從groupA和groupB創建一個新的group列,如果鍵中包含A,則選擇groupA,如果鍵中包含B,則選擇groupB。 (我們在這里使用mapply(switch,...)可以很容易地擴展到3+組的情況,但是我們可以使用ifelse,即ifelse(grepl(“ A”,key)as.character(groupA)as .character(groupB)),因為我們只有兩個組。)mutate還將鍵名從VA1減少到V1,依此類推,最后選擇所需的列。
DF %>%
gather(key, value, starts_with("V")) %>%
mutate(group = mapply(switch, gsub("[^AB]", "", key), A = groupA, B = groupB),
key = sub("[AB]", "", key)) %>%
select(replicate, group, key, value)
給予:
replicate group key value
1 1 a V1 0.34291660
2 2 b V1 -1.31837320
3 3 c V1 -0.79083580
4 4 d V1 -0.99636770
5 5 e V1 -1.36346090
6 1 a V2 -2.30336406
7 2 b V2 -0.13516849
8 3 c V2 -0.10746447
9 4 d V2 -1.82557058
10 5 e V2 0.04385812
11 1 f V1 0.05363582
12 2 g V1 -0.42586417
13 3 h V1 1.05134242
14 4 i V1 -1.14532536
15 5 j V1 -0.65643595
16 1 f V2 1.64540780
17 2 g V2 0.15415410
18 3 h V2 1.42973500
19 4 i V2 1.08157330
20 5 j V2 -0.14528770
2)另一種方法是將列分成幾組,以便從名稱中刪除A和B后,組中的所有列都具有相同的名稱。 在每個這樣的組上執行不列出,以將列表簡化為純矢量列表,並將該列表轉換為data.frame。 最后收集V列並重新排列。 請注意,rownames_to_column來自tibble包。
DF %>%
as.list %>%
split(sub("[AB]", "", names(.))) %>%
lapply(unlist) %>%
as.data.frame %>%
rownames_to_column %>%
gather(key, value, starts_with("V")) %>%
arrange(gsub("[^AB]", "", rowname), key) %>%
select(replicate, group, key, value)
2a)如果行順序不重要,則可以省略rownames_to_column,range和select行,將其縮短為:
DF %>%
as.list %>%
split(sub("[AB]", "", names(.))) %>%
lapply(unlist) %>%
as.data.frame %>%
gather(key, value, starts_with("V"))
解決方案(2)和(2a)可以很容易地轉換為僅基於鹼基的解決方案,方法是像第二個變形一樣,用適當的從底部進行的變形替換道集,即在(3)中產生d2的那個。
3)盡管這個問題要求一個整潔的解決方案,但是有一個相當方便的基本解決方案,它包含兩個重塑調用。 拆分產生的變化是: list(group = c("groupA", "groupB"), V1 = c("VA1", "VB1"), V2 = c("VA2", "VB2"))
- -也就是說,它與每組列中的第i列匹配。
varying <- split(names(DF)[-1], gsub("[AB]", "", names(DF))[-1])
d <- reshape(DF, dir = "long", varying = varying, v.names = names(varying))
d <- subset(d, select = -c(time, id))
d2 <- reshape(d, dir = "long", varying = list(grep("V", names(d))), v.names = "value",
timevar = "key")
d2 <- subset(d2, select = c(replication, group, key, value))
d2
注意:可復制形式的輸入為:
DF <- structure(list(replicate = 1:5, groupA = structure(1:5, .Label = c("a",
"b", "c", "d", "e"), class = "factor"), VA1 = c(0.3429166, -1.3183732,
-0.7908358, -0.9963677, -1.3634609), VA2 = c(-2.30336406, -0.13516849,
-0.10746447, -1.82557058, 0.04385812), groupB = structure(1:5, .Label = c("f",
"g", "h", "i", "j"), class = "factor"), VB1 = c(0.05363582, -0.42586417,
1.05134242, -1.14532536, -0.65643595), VB2 = c(1.6454078, 0.1541541,
1.429735, 1.0815733, -0.1452877)), .Names = c("replicate", "groupA",
"VA1", "VA2", "groupB", "VB1", "VB2"), class = "data.frame", row.names = c("1",
"2", "3", "4", "5"))
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