在R中，如何並行計算摘要函數？

Question

我有一個龐大的數據集。 我在nnet包中通過多項式計算了多項式回歸。

mylogit<- multinom(to ~ RealAge, mydata)

需要10分鍾。 但是，當我使用匯總函數計算系數時，它需要超過1天的時間！！！ 這是我使用的代碼：

output <- summary(mylogit) 

Coef<-t(as.matrix(output$coefficients))

我想知道是否有人知道如何通過R中的並行處理來計算這部分代碼？

這是一小部分數據樣本：

mydata:
to  RealAge
513 59.608
513 84.18
0   85.23
119 74.764
116 65.356
0   89.03
513 92.117
69  70.243
253 88.482
88  64.23
513 64
4   84.03
65  65.246
69  81.235
513 87.663
513 81.21
17  75.235
117 49.112
69  59.019
20  90.03

Answer 1

如果只需要系數，則僅使用coef()方法，該方法會減少計算量。

例：

mydata <- readr::read_table("to  RealAge
513 59.608
513 84.18
0   85.23
119 74.764
116 65.356
0   89.03
513 92.117
69  70.243
253 88.482
88  64.23
513 64
4   84.03
65  65.246
69  81.235
513 87.663
513 81.21
17  75.235
117 49.112
69  59.019
20  90.03")[rep(1:20, 3000), ]

mylogit <- nnet::multinom(to ~ RealAge, mydata)
system.time(output <- summary(mylogit))          # 6 sec
all.equal(output$coefficients, coef(mylogit))    # TRUE & super fast

如果您對summary()函數進行summary() ，您會發現大部分時間都由crossprod()函數crossprod() 。 因此，如果您確實需要summary()函數的輸出，則可以使用優化的數學庫，例如Microsoft R Open提供的MKL。