如何正確使用chomp命令擺脫perl中的\\ n字符？

Question

我的問題很簡單：我有一個看起來像這樣的數據庫：

我的目標只是消除每個序列行末尾的換行符\\ n，而不是標題，我嘗試了以下代碼

#!/usr/bin/perl
use strict;
my $db = shift;
my $outfile= "Silva_chomped_for_R_fin.fasta";
my $header;
my $seq;
my $kick = ">";

open(FASTAFILE, $db);
open(OUTFILE,">". $outfile);

while(<FASTAFILE>) {
    my $currentline = $_;
    chomp $currentline;
    if ($currentline =~ m/^$kick/) {
        $header = $currentline;
    } else {
        chomp $currentline;
        $seq = $currentline;
    }
    my $path = $header.$seq."\n";
    print(OUTFILE $path);
}

close OUTFILE;
close FASTAFILE;
exit;

但是我得到的不僅僅是以下內容：

像如果chomp根本不起作用..任何關於我做錯事的想法嗎？ 非常感謝Alfredo

Answer 1

while()循環存在三個問題。

• 您正在循環的開頭無條件地運行chomp() 。
• 然后，您將在循環末尾重新添加換行符（這chomp()了先前的chomp()的用途）。
• 您正在將標題連接到每一行。

這是一個簡化的版本。

use strict;
use warnings;

my $db = shift;
my $outfile = "out.fasta";

open(my $fh, "<", $db) or die "Could not open input file";
open(my $out, ">", $outfile) or die "Could not open output file";

my $header;

while (<$fh>) {
    $header = /^>/;
    chomp unless $header;
    print $out $. > 1 && $header && "\n", $_;
}

close $out;
close $fh;

線

print $out $. > 1 && $header && "\n", $_;

將有條件前面加上一個新行的輸出，如果這符合一個開始“>” - ，除非它是在該文件中的第一行。 （ $.變量是當前行號。）

圖片來源： ikegami在我的原始代碼中發現了該錯誤，以允許輸入數據庫中包含多個序列。

Answer 2

my $add_lf = 0;
while (<>) {
   chomp;
   if (/^>/) {
      print("\n") if $add_lf;
      print("$_\n");
      $add_lf = 0;
   } else {
      print;
      $add_lf = 1;
   }
}

print("\n") if $add_lf;