Conda將一個環境導入到另一個環境

Question

考慮一下將具有依賴項的Python子模塊導入具有自己依賴項的項目的情況。 假設子模塊有其environment.yml文件，而項目本身有一個environment.yml文件。

有沒有辦法創建一個同時包含這兩個環境規范的環境，如果是，您將如何進行呢？ （或者是否有更好/更優選的方式來處理這種情況？）

Answer 1

我猜您是同時開發子模塊和項目的人，因為依賴項仍在environment.yml文件中。

選項1：使用子模塊的environment.yml更新項目環境

不幸的是，如果您的子模塊依賴於conda軟件包，那么這可能是您唯一的選擇。

# First create the project environment
$ conda env create --force -f project_environment.yml

# Then update with submodule dependencies
$ conda env update -n project-env-name --file submodule_environment.yml

這不是理想的，因為基本的期望是您導入的庫帶有它們自己的依賴項。

選項2：將依賴項放入相應的requirements.txt文件中

僅當可以通過pip從PyPi安裝子模塊依賴項時才適用。 首先，將項目和子模塊的依賴項放入其各自的requirements.txt文件中。

然后重組environment.yml文件，使其看起來如下所示：

submodule_environment.yml

name: submodule-env-name
channels:
  - defaults
dependencies:
- python=3.6.3             # no conda dependencies
- pip:
    - -r requirements.txt  # <--- submodule dependencies

project_environment.yml

name: project-env-name
channels:
  - defaults
dependencies:
- python=3.6.3
- pip:
    - -r requirements.txt                    # <--- project dependencies
    - -r project/submodule/requirements.txt  # <--- submodule dependencies

這樣，您可以完全忽略submodule_environment.yml文件，然后使用單個命令創建項目環境。

$ conda env create --force -f project_environment.yml

如果您的submodule依賴於conda軟件包，則此方法將不起作用。 如果是這樣，那么選項1是您的最佳選擇。

選項3：打包子模塊（理想）

假設子模塊沒有conda依賴項，那么理想的是僅從子模塊中制作一個單獨的程序包。 創建一個setup.py並將所有依賴項放入install_requires字段中。 這是setup.py文件的外觀模板。

打包后，您可以執行以下操作：

• 使用以下命令在本地安裝：
  • pip install .
• 上載到github或bitbucket並使用以下方式安裝：
  • pip install git+https://github.com/username/submodule.git --upgrade
• 上傳到github或bitbucket並將以下內容添加到pip下的requirements.txt或environment.yml ：
  • git+https://github.com/username/submodule.git#egg=submodule