是否有可能在R（或使用Rprintf（））中“抓取”/“刮”C printf（）的.Call（）輸出？

Question

我正在使用R代碼，它通過.Call()與C接口。 C函數通過printf()輸出到STDOUT。 作為一個具體的，更簡單的例子，我將關注http://mazamascience.com/WorkingWithData/?p=1099

這是我們的C代碼，通過printf() ， helloA1.c輸出hello world：

#include <R.h>
#include <Rdefines.h>
#include <stdio.h>
SEXP helloA1() {
  printf("Hello World!\n");
  return(R_NilValue);
}

通過R CMD SHLIB helloA1.c安裝后，我們在R中調用如下函數：

> dyn.load("helloA1.so")
> hellocall = .Call("helloA1")
  Hello World!

我無法訪問“Hello World！”文本。 但是在R中作為數據結構。 例如

> vec1 = as.vector( .Call("helloA1"))
Hello World!
> vec1
NULL
> 

要么

> library(data.table)
> dt = as.data.table(.Call("helloA1"))
Hello World!
> dt
Null data.table (0 rows and 0 cols)
> 

有沒有辦法將printf()的輸出“加載”到R？

我可以將函數轉換為Rcpp，但是我會遇到與Rprintf()相同的問題。

編輯：抱歉，我以前以為RPrintf()是內部的功能Rcpp 。 我已恰當地編輯了這個問題的標題。

Answer 1

所以，這里的問題是printf否定了R的內置輸出收集機制。 特別是，沒有C級“stdout”文件流，因此，在Rgui或RStudio中沒有要收集的輸出。 有關詳細信息，請參見第6.5節 “ 寫入R擴展的 打印 ”

兩種可能的解決方

1. 定義一個宏，將printf設置為Rprintf並包含#define STRICT_R_HEADERS以避免錯誤 。
2. 在違規代碼Rprintf printf實例切換為Rprintf 。

從這里開始，捕獲可以傳遞給capture.output() ，它直接將輸出分配給變量，或者傳遞給sink() ，它將輸出重定向到一個文件，然后必須使用readLines()讀回其內容。 后者使得可以在多行代碼上清楚地封閉以捕獲輸出，而先前關注於確保輸入表達式中存在的輸出。

選項1

對於第一次迭代，只需定義包含自定義定義的頭，然后包含第三方庫，例如

my_code.h

#ifndef MY_CODE_H
#define MY_CODE_H
#include <R.h>
// this load R_ext/Print.h.

// #include <YOUR_LIBRARY.h>

// Define strict headers
#define STRICT_R_HEADERS
// Map printf to Rprintf
#define printf Rprintf
#endif

toad.c

#include <R.h>
#include <Rdefines.h>
#include "my_code.h"

SEXP helloA1() {
  printf("Hello World!\n");
  return(R_NilValue);
}

toad_example.R

system("R CMD SHLIB ~/Desktop/toad.c")
dyn.load("~/Desktop/toad.so")

helloA1 <- function() {
  result <- .Call("helloA1")
}

# Gregor's suggestion
captured_data = capture.output(helloA1())

# Using sink around multiple function calls to redirect output
# to a single file
sink("sink-examp.txt")
helloA1()
sink()

input_data = readLines("sink-examp.txt")

all.equal(input_data, captured_data)
# [1] TRUE

我在R包中實現了這種方法，可以在這里找到：

https://github.com/coatless/printf2Rprintf

選項2

此選項手動重新定義printf函數。

toad.c

#include <R.h>
#include <Rdefines.h>
SEXP helloA1() {
  Rprintf("Hello World!\n"); // manually changed
  return(R_NilValue);
}

toad_example.R

system("R CMD SHLIB ~/Desktop/toad.c")
dyn.load("~/Desktop/toad.so")

helloA1 <- function() {
  result <- .Call("helloA1")
}

# Gregor's suggestion
captured_data = capture.output(helloA1())

# Using sink around multiple function calls to redirect output
# to a single file
sink("sink-examp.txt")
helloA1()
sink()

input_data = readLines("sink-examp.txt")

all.equal(input_data, captured_data)
# [1] TRUE