Rmarkdown 文檔中的源嵌套 R 文件

Question

我正在用一些R代碼塊編寫Rmd報告，很明顯。 我的代碼結構如下：

• 用於自定義函數的functions.R腳本
• 用於加載包和我的數據的DataDependency.R腳本，這已經為這些任務提供了functions.R 。
• 一些analysis.R腳本采購DataDependency.R
• 還有一些進一步的furtheranalyis.R采購analysis.R ，從那時起我就不必多次寫一些步驟

因此，我在很大程度上依賴於以嵌套方式源文件的函數。 但是，我無法在RMarkdown中完成此操作，這每次都會給我錯誤（見下文）。 是我太笨還是缺少這個功能？！ 迄今為止的所有嘗試都導致錯誤。

我看到的有關該主題的其他問題僅包括在.Rmd文件中的.Rmd .Rmd （ 此處）以及source()和read_chunk()之間的區別（ 此處）。 兩者都沒有回答我的問題。

我已經嘗試確保它確實是產生錯誤的嵌套源。 所以這是一個最小的工作示例：

移動電源

文件mweA.R

x = 1:10

和文件mweB.R

source("./mweA.R")
y = x * x

現在，在我的.Rmd文件中，我只想加載文件 B（如果必須的話，也可以同時加載），然后繼續：

```{r}
source("./mweB.R")
plot(y ~ x)
```

即使我這樣做：

```{r}
source("./mweA.R")
source("./mweB.R")
plot(y ~ x)
```

出現同樣的錯誤，即：

Error in file(filename, "r", encoding = encoding) : cannot open the connection Calls: <Anonymous> ... source -> withVisible -> eval -> source -> file Execution halted

請注意，如果我只是執行source("./mweA.R")或獲取任何其他非依賴R腳本，我不會收到錯誤source("./mweA.R") 。

希望您必須在塊中指定一個（或多或少）秘密參數來解決所有這些問題。 我真的很難處理 Rmarkdown 的代碼塊，而且我通常不清楚錯誤是什么。 這主要使我無法從latex切換到RMarkdown ...

Answer 1

您面臨的問題與knitr或能夠正確嵌套文檔無關，而是 R 項目“工作目錄rmarkdown ”的產物，因為rmarkdown將相對於文件目錄編織文檔，而不是項目根。 這會導致不同的相對路徑，具體取決於文檔是在項目會話還是knitr會話中運行。

除了要點之外，此問題還顯示了許多解決方法：

knitr 具體：

為所有要評估的塊設置一個根目錄，而不是相對於文檔位置。

opts_knit$set(root.dir = '/Users/username/path_to_project')

一般情況：

使用rprojroot或here （后者是前者的包裝器），它使用多個標准來確定文件的頂級目錄。 您不需要使用 RStudio 項目來實現這一點。

使用here::here調用對另一個本地文件的任何引用，無論調用它的子目錄如何，它都會解析到相同的位置。

source(here("functions.R"))
source(here("subdirectory", "DataDependency.R"))
source(here("subdirectory2", "furtheranalyis.R"))

這可能是一個更好的解決方案，因為它不依賴於knitr選項。 或者，您可以使用rprojroot設置root.dir塊：

opts_knit$set(root.dir = rprojroot::find_rstudio_root_file())

如果您使用的是 RStudio 項目。 如果沒有，請使用具有指定條件的rprojroot::find_root 。