使用帶有knitr的packrat庫和rstudio編譯PDF按鈕

Question

正如上文由藝輝謝這篇文章 ，當一個人使用RStudio IDE的編譯PDF按鈕，從.Rnw文件生成PDF， knit()使用globalenv()一個新的R會話。 有沒有辦法讓這個新的R會話使用我的項目的packrat庫（甚至是我的packrat庫中包含的knitr版本）而不是我的個人用戶庫來確保最大程度的可重復性？ 我想新的R會話必須與項目本身相關聯，但我不知道如何有效地做到這一點。

我知道我可以直接使用knit()函數而不是編譯PDF按鈕，這樣， knit()將使用我當前的globalenv() ，但我不喜歡這個解決方案，因為它的可重現性較差。

Answer 1

我想我自己也遇到了這個問題，但我希望與能夠證實我是對的其他人分享，並可能有助於改進我的解決方案。

我的具體問題是我的.Rnw文件位於我整個項目的子目錄中。 當“編譯PDF”按鈕創建新的R會話時，它將在此子目錄中創建，因此無法找到將初始化packrat的.Rprofile文件。 我認為最簡單的解決方案是在我的子目錄中創建一個.Rprofile文件，其中包含

temp <- getwd()
setwd("..")
source("packrat/init.R")
setwd(temp)
rm(temp)

我必須在source("packrat/init.R")之前更改項目級別的工作目錄，因為文件本身引用了目錄...

有誰能看到更好的解決方案？

Answer 2

P.，

我不知道這個解決方案是否適用於knitr包，但我99％肯定它適用於所有其他包，因為它似乎對我來說。

（我相信）我有一個非常相似的問題。 我有我的項目文件夾，但我的工作目錄一直是我的.rnw文件所在的子文件夾 ，位於我的項目文件夾的子目錄中。

鏈接到Yihiu Xie的答案非常有幫助。

最初我想要一個項目文件夾，例如：

project-a/
               working/
                        data/
                                  datas.csv
                        analysis/
                                  library.R
                                  rscripts.R
                        rnw/
                                  report.rnw
                        child/
                                  preamble.rnw
                        packrat/

但是當我的R library()調用不在工作目錄中並且packrat無法解析.rnw文件時，我不確定是否可以使用packrat （我使用source()從chunck調用library.R文件source() .rnw文件）。 幾點說明：

• 我想使用.Rproj文件打開項目，並將project-a /作為工作目錄
  • 如果這是真的，那么packrat可以找到library.R腳本
  • 但是.rnw文件在編譯時仍然默認為自己的工作目錄
• 我想到了一個.Rprofile與knitr::opts_knit$set(root.dir = "..")的工作，但我不認為它的工作原理像乳膠命令input\\ ，默認回目錄包含.rnw文件
  • 我認為這是不夠的，因為那時你有兩個工作目錄，一個用於你的r chunks ，一個用於你的乳膠！

由於.rnw總是設置工作目錄，我將我的library.R腳本放在與我的.rnw文件相同的目錄中，該文件在project-a / working / rnw中創建了packrat文件夾。 我99％肯定這是有效的，因為當我在項目-a / working / rnw文件夾中創建packrat文件夾時沒有重新定位library.R文件它收到一個錯誤，沒有找到包，我無法編譯.rnw文件。

project-a/
               working/
                        data/
                                  datas.csv
                        analysis/
                                  rscripts.R
                        rnw/
                                  report.rnw
                                  library.R
                                  packrat/
                        child/
                                  preamble.rnw

再說一遍，除非我忽視某些東西或誤解了正在使用哪些軟件包，否則這似乎對我有用。 免責聲明我對packrat相對較新。