將函數從 R 轉換為 rpy2

Question

嗨！ 我在 R 中使用了一個名為stylo的包用於文體測量（基本上是機器學習，用於根據詞匯頻率識別文學作者），但我在 Python 中使用rpy2使用它。

在 RI 中將執行以下操作：

library(stylo)
cosine.delta = function(x){
        # z-scoring the input matrix of frequencies
        x = scale(x)
        # computing cosine dissimilarity
        y = as.dist( x %*% t(x) / (sqrt(rowSums(x^2) %*% t(rowSums(x^2)))) )
        # then, turning it into cosine similarity
        z = 1 - y
        # getting the results
        return(z)
    }
stylo(distance.measure="cosine.delta")

現在在 Python 中我知道如何調用library和函數stylo ，但我不知道如何定義函數cosine.delta 。 任何的想法？ 我試過這樣的事情：

import rpy2.robjects as ro
R = ro.r
R.library("stylo")
cosinedelta = R.function(x){
        # z-scoring the input matrix of frequencies
        x = scale(x)
        # computing cosine dissimilarity
        y = as.dist( x %*% t(x) / (sqrt(rowSums(x^2) %*% t(rowSums(x^2)))) )
        # then, turning it into cosine similarity
        z = 1 - y
        # getting the results
        return(z)
}
R.stylo(distance.measure="cosinedelta")

它說{是無效的語法。 我一直在嘗試不同的東西（其他類型的括號，使用

from rpy2.robjects.packages import importr 
base = importr('base')) 

但沒有任何效果我對 R 或rpy2語法都不太了解......

Answer 1

您可以通過rpy2運行任何 R 代碼，只需將其放入一個大字符串中，然后將該字符串作為參數傳遞給R() 。 對你來說，以下應該有效：

import rpy2.robjects as ro
R = ro.r
R.library("stylo")
R('''
    cosinedelta <- function(x){
        # z-scoring the input matrix of frequencies
        x = scale(x)
        # computing cosine dissimilarity
        y = as.dist( x %*% t(x) / (sqrt(rowSums(x^2) %*% t(rowSums(x^2)))) )
        # then, turning it into cosine similarity
        z = 1 - y
        # getting the results
        return(z)
    }
    ''')
R('stylo(distance.measure=\"cosinedelta\")')

這基本上只是 R 代碼（用cosinedelta而不是cosine.delta ，不確定這是否重要），包裹在''' '''以使其成為python中的多行字符串，並且R( )包裹在它周圍將其作為 R 代碼執行。

最后一行代碼的工作方式類似。 為安全起見，我將反斜杠放在應該直接傳遞給 R 的引號前面，以確保 python 不會嘗試對它們做任何有趣的事情，而只是將它們傳遞到 R 中。

對於這個答案，我基本上改編了文檔中的一個示例，您自己查看它可能也很有用。