從bash腳本渲染Rmarkdown時，PDF中未顯示圖

Question

我需要將我的R-markdown文件從bash腳本編譯為pdf 。 我正在使用Rstudio 1.1.383，並且正在使用以下腳本-

Rscript -e "library(knitr); knit('myfile.Rmd')" 
Rscript -e "library(rmarkdown) render('myfile.md')"

這將生成pdf ，但ggplots和rpart圖將在圖形文件夾中創建為單獨的.png文件。 如果我在Rstudio中使用knitr按鈕，則繪圖將完美地編譯為pdf。 所以我想我的腳本沒有正確模仿編織按鈕。 這就是ggplot的代碼塊之一

{r,fig.cap="Box plots for standardized data" }

melted = melt(Scaled_df)
ggplot(data = melted) +  geom_boxplot(aes(x=Species,y=value, fill = Species)) +   facet_wrap(~variable) +
  theme(axis.ticks = element_blank(), axis.text.x = element_blank())

但是我想那一定可以，因為使用Rstudio中的knitr按鈕編譯的pdf是完美的。 有人知道我的bash腳本出了什么問題嗎？

Answer 1

該文檔說明：

如果您不使用RStudio，則只需調用'rmarkdown :: render函數，例如：

rmarkdown::render("input.Rmd")

請注意，在RStudio中使用“編織”按鈕的情況下，基本機制是相同的（RStudio在后台調用了rmarkdown :: render函數）。

因此，就您而言，不應編織中間降價文件。