[英]How to add a line in boxplot?
我想在我的boxplot中的“mean”之間添加一行。
我的代碼:
library(ggplot2)
library(ggthemes)
Gp=factor(c(rep("G1",80),rep("G2",80)))
Fc=factor(c(rep(c(rep("FC1",40),rep("FC2",40)),2)))
Z <-factor(c(rep(c(rep("50",20),rep("100",20)),4)))
Y <- c(0.19 , 0.22 , 0.23 , 0.17 , 0.36 , 0.33 , 0.30 , 0.39 , 0.35 , 0.27 , 0.20 , 0.22 , 0.24 , 0.16 , 0.36 , 0.30 , 0.31 , 0.39 , 0.33 , 0.25 , 0.23 , 0.13 , 0.16 , 0.18 , 0.20 , 0.16 , 0.15 , 0.09 , 0.18 , 0.21 , 0.20 , 0.14 , 0.17 , 0.18 , 0.22 , 0.16 , 0.14 , 0.11 , 0.18 , 0.21 , 0.30 , 0.36 , 0.40 , 0.42 , 0.26 , 0.23 , 0.25 , 0.30 , 0.27 , 0.15 , 0.29 , 0.36 , 0.38 , 0.42 , 0.28 , 0.23 , 0.26 , 0.29 , 0.24 , 0.17 , 0.24 , 0.14 , 0.17 , 0.16 , 0.15 , 0.21 , 0.19 , 0.15 , 0.16 , 0.13 , 0.25 , 0.12 , 0.15 , 0.15 , 0.14 , 0.21 , 0.20 , 0.13 , 0.14 , 0.12 , 0.29 , 0.29 , 0.29 , 0.24 , 0.21 , 0.23 , 0.25 , 0.33 , 0.30 , 0.27 , 0.31 , 0.27 , 0.28 , 0.25 , 0.22 , 0.23 , 0.23 , 0.33 , 0.29 , 0.28 , 0.12 , 0.28 , 0.22 , 0.19 , 0.22 , 0.14 , 0.15 , 0.15 , 0.21 , 0.25 , 0.11 , 0.27 , 0.22 , 0.17 , 0.21 , 0.15 , 0.16 , 0.15 , 0.20 , 0.24 , 0.24 , 0.25 , 0.36 , 0.24 , 0.34 , 0.22 , 0.27 , 0.26 , 0.23 , 0.28 , 0.24 , 0.23 , 0.36 , 0.23 , 0.35 , 0.21 , 0.25 , 0.26 , 0.23 , 0.28 , 0.24 , 0.23 , 0.09 , 0.16 , 0.16 , 0.14 , 0.18 , 0.18 , 0.18 , 0.12 , 0.22 , 0.23 , 0.09 , 0.17 , 0.15 , 0.13 , 0.17 , 0.19 , 0.17 , 0.11)
X <- factor(c(rep(c(rep("B1",10),rep("B2",10)),8)))
DATA=data.frame(Y,X,Z,Fc,Gp)
p <- qplot(X, Y, data=DATA, geom="boxplot", fill=Z, na.rm = TRUE,
outlier.size = NA, outlier.colour = NA) +
facet_grid(Gp ~ Fc)+ theme_light()+scale_colour_gdocs()+
theme(legend.position="bottom") +
stat_summary(fun.y=mean, geom="point", shape=23, position = position_dodge(width = .75))
我有:
我想要的預期情節:
我試過這個
p + stat_summary(fun.y=mean, geom="line", aes(group = factor(Z)))
還有這個
p + stat_summary(fun.y=mean, geom="line", aes(group = factor(X)))
但上述都沒有奏效。 相反,我收到以下錯誤消息:
geom_path:每組只包含一個觀察。 你需要調整群體美感嗎? geom_path:每組只包含一個觀察。 你需要調整群體美感嗎? geom_path:每組只包含一個觀察。 你需要調整群體美感嗎? geom_path:每組只包含一個觀察。 你需要調整群體美感嗎?
這是另一種選擇:
DATA$U <- paste(X, Z) # Extra interaction
qplot(U, Y, data = DATA, geom = "boxplot", fill = Z, na.rm = TRUE,
outlier.size = NA, outlier.colour = NA) +
facet_grid(Gp ~ Fc) + theme_light() + scale_colour_gdocs() +
theme(legend.position = "bottom") +
stat_summary(fun.y = mean, geom = "point", shape = 23, position = position_dodge(width = .75)) +
stat_summary(fun.y = mean, geom = "line", aes(group = X)) + # Lines
scale_x_discrete(labels = rep(levels(X), each = 2)) + xlab("X") # Some fixes
你也可以試試一個整齊的解決方案:
library(tidyverse)
DATA %>%
ggplot() +
geom_boxplot(aes(X, Y, fill=Z)) +
stat_summary(aes(X, Y,fill=Z),fun.y = mean, geom = "point",
position=position_nudge(x=c(-0.185,0.185))) +
geom_segment(data=. %>%
group_by(X, Z, Gp , Fc) %>%
summarise(M=mean(Y)) %>%
ungroup() %>%
mutate(Z=paste0("C",Z)) %>%
spread(Z, M), aes(x = as.numeric(X)-0.185, y = C100,
xend = as.numeric(X)+0.185, yend = C50)) +
facet_grid(Gp ~ Fc)
這個想法與db的答案相同。 為geom_segment調用創建data.frame。 優勢是dplyr工作流程。 所以一切都在一次完成。
DATA %>%
group_by(X, Z, Gp , Fc) %>%
summarise(M=mean(Y)) %>%
ungroup() %>%
mutate(Z=paste0("C",Z)) %>%
spread(Z, M)
# A tibble: 8 x 5
X Gp Fc C100 C50
* <fctr> <fctr> <fctr> <dbl> <dbl>
1 B1 G1 FC1 0.169 0.281
2 B1 G1 FC2 0.170 0.294
3 B1 G2 FC1 0.193 0.270
4 B1 G2 FC2 0.168 0.269
5 B2 G1 FC1 0.171 0.276
6 B2 G1 FC2 0.161 0.292
7 B2 G2 FC1 0.188 0.269
8 B2 G2 FC2 0.163 0.264
或者,與朱利葉斯的回答相比,你可以嘗試一種略微不同的方法。 添加中斷和標簽以獲得預期的輸出,並在數字X2
上使用一些偏移量,並在boxplot函數中使用width參數來一起繪制框。
DATA %>%
mutate(X2=as.numeric(interaction(Z, X))) %>%
mutate(X2=ifelse(Z==100, X2 + 0.2, X2 - 0.2)) %>%
ggplot(aes(X2, Y, fill=Z, group=X2)) +
geom_boxplot(width=0.6) +
stat_summary(fun.y = mean, geom = "point") +
stat_summary(aes(group = X),fun.y = mean, geom = "line") +
facet_grid(Gp ~ Fc) +
scale_x_continuous(breaks = c(1.5,3.5), labels = c("B1","B2"),
minor_breaks = NULL, limits=c(0.5,4.5))
這不是優雅,但試試這個
tmp1 = aggregate(Y~., DATA[DATA$Z == 100,], mean)
tmp2 = aggregate(Y~., DATA[DATA$Z == 50,], mean)
tmp1$X2 = tmp2$X
tmp1$Y2 = tmp2$Y
graphics.off()
ggplot(DATA, aes(x = factor(X), y = Y, fill = Z)) +
geom_boxplot(width = 0.5, outlier.shape = NA) +
geom_segment(data = tmp1,
aes(x = as.numeric(factor(X)) - 0.125, y = Y,
xend = as.numeric(factor(X2)) + 0.125, yend = Y2)) +
facet_grid(Gp ~ Fc)
另一種方法,無可否認有點復雜,但希望它避免了一些硬編碼。
我們的想法是構建一個包含stat_summary
調用的plot對象。 從中,獲取要用於線的相關數據( ggplot_build(p)$data[[2]]
)。 第二個數據槽( [[2]]
)對應於繪圖調用中的第二層,即stat_summary
生成的x
和y
。
抓取面板( PANEL
)和x類別( group
)的x
和y
位置和指數。
在繪圖對象的數據中,'PANEL'和'group'變量不是由它們的名稱明確給出,而是作為對應於facet
變量的不同組合的數字,以及最終將生成數字x
位置的變量(這里兩者都是'真正的' x
和fill
)。
但是,因為分類變量是在ggplot
中按字典順序ggplot
,所以我們可以將這些數字與其對應的變量進行匹配。 data.table
的.GRP
函數在data.table
很方便。
然后可以使用該數據在geom_line
之間繪制geom_line
。
# dodge value
pos <- position_dodge(width = 0.75)
# initial plot
p <- ggplot(data = DATA, aes(x = X, y = Y, fill = Z)) +
geom_boxplot(outlier.size = NA, outlier.colour = NA,
position = pos) +
stat_summary(fun.y = mean, geom = "point", shape = 23, position = pos) +
facet_grid(Gp ~ Fc)
# grab relevant data
d <- ggplot_build(p)$data[[2]][ , c("PANEL", "group", "x", "y")]
library(data.table)
setDT(DATA)
# select unique combinations of facet and x variables
# here x includes the fill variable 'Z'
d2 <- unique(DATA[ , .(Gp, Fc, Z, X)])
# numeric index of facet combinations
d2[ , PANEL := .GRP, by = .(Gp, Fc)]
# numeric index of x combinations
d2[ , group := .GRP, by = .(Z, X)]
# add x and y positions by joining on PANEL and group
d2 <- d2[d, on = .(PANEL, group)]
# plot!
p + geom_line(data = d2, aes(x = x, y = y))
我有辦法做到這一點,肯定類似於什么,但使用geom_line
和position_dodge
和data.table
library(data.table)
DATA=data.table(Y,X,Z,Fc,Gp)
qplot(X, Y, data=DATA, geom="boxplot", fill=Z, na.rm = TRUE,
outlier.size = NA, outlier.colour = NA) +
geom_line(data = DATA[,list(Y = mean(Y)), by = .(X,Z,Fc,Gp)][X == "B1"],aes(X,Y,color = Z),group =1, position = position_dodge(width = .75),color = "black") +
geom_line(data = DATA[,list(Y = mean(Y)), by = .(X,Z,Fc,Gp)][X == "B2"],aes(X,Y,color = Z),group =1, position = position_dodge(width = .75),color = "black") +
facet_grid(Gp ~ Fc)+ theme_light()+
theme(legend.position="bottom") +
stat_summary(fun.y=mean, geom="point", shape=23, position = position_dodge(width = .75))
聲明:本站的技術帖子網頁,遵循CC BY-SA 4.0協議,如果您需要轉載,請注明本站網址或者原文地址。任何問題請咨詢:yoyou2525@163.com.