R庫不包含任何程序包

Question

我的R安裝似乎有問題。 我嘗試使用library()使用多個軟件包，並被告知找不到它們。 然后，我嘗試只運行不帶任何參數的library() ，並顯示Warning message: In library() : library '/usr/local/lib/R/site-library' contains no packages 。 .libpaths的輸出是

[1] "/home/username/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2"
[2] "/usr/local/lib/R/site-library"                       
[3] "/usr/lib/R/site-library"                             
[4] "/usr/lib/R/library"

sessionInfo()的輸出是

R version 3.2.3 (2015-12-10)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: Linux Mint 18.3

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_AU.UTF-8      
 [2] LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_AU.UTF-8       
 [4] LC_COLLATE=en_AU.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_AU.UTF-8   
 [6] LC_MESSAGES=en_AU.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=en_AU.UTF-8      
 [8] LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C              
[10] LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_AU.UTF-8
[12] LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets 
[6] methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.2.3

我無法在線找到有關此錯誤的任何信息。 其他所有人似乎都找不到特定的軟件包。 我還沒有看到有人抱怨沒有任何包裝。

這些是我嘗試使用install.packages("tidyverse")從RStudio安裝“ tidyverse”時收到的錯誤消息：

Installing package into ‘/home/username/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4’
(as ‘lib’ is unspecified)
also installing the dependencies

...

* installing *source* package ‘colorspace’ ...
** package ‘colorspace’ successfully unpacked and MD5 sums checked
** libs
gcc -std=gnu99 -I/usr/share/R/include -DNDEBUG      -fpic  -g -O2 -fstack-protector-strong -Wformat -Werror=format-security -Wdate-time -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g  -c colorspace.c -o colorspace.o
colorspace.c:2:19: fatal error: ctype.h: No such file or directory
compilation terminated.
/usr/lib/R/etc/Makeconf:159: recipe for target 'colorspace.o' failed
make: *** [colorspace.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘colorspace’
* removing ‘/home/dylanus-zwei/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/colorspace’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘colorspace’ had non-zero exit status

重復一段時間，然后執行以下操作：

Found pkg-config cflags and libs!
Using PKG_CFLAGS=
Using PKG_LIBS=-lcurl
------------------------- ANTICONF ERROR ---------------------------
Configuration failed because libcurl was not found. Try installing:
 * deb: libcurl4-openssl-dev (Debian, Ubuntu, etc)
 * rpm: libcurl-devel (Fedora, CentOS, RHEL)
 * csw: libcurl_dev (Solaris)
If libcurl is already installed, check that 'pkg-config' is in your
PATH and PKG_CONFIG_PATH contains a libcurl.pc file. If pkg-config
is unavailable you can set INCLUDE_DIR and LIB_DIR manually via:
R CMD INSTALL --configure-vars='INCLUDE_DIR=... LIB_DIR=...'
--------------------------------------------------------------------

對於openssl也會出現相同的錯誤。 我今天早上安裝了libcurl，所以不確定在這里期望什么。

checking for gcc... gcc -std=gnu99
checking whether the C compiler works... no

C編譯器肯定可以工作。 我已經使用了很多次。 其他消息似乎都是同一種東西。

Answer 1

由於權限的原因，這可能是一個類似的問題： 庫不可寫

嘗試安裝軟件包時，錯誤消息是什么？ 當您使用shell導航到site-packages目錄時，它看起來像什么？ 里面有東西嗎？ 有哪些權限？

總而言之，我們現在了解到，用於保存軟件包的目錄的當前權限為： drwxr_xr_x ，如果您復制了正確目錄的行（ /usr/local/lib/R/site-library ）。 我正在澄清，因為您似乎已復制復制粘貼了站點目錄abind第一個軟件包的權限。 如果您這樣做了，那么這意味着站點目錄中有軟件包，並且我們有另一個問題（可能還有權限問題，但不是讀取而是寫入）。

因此，如果ls -ld /usr/local/lib/R/site_library以drwxr-sr-x 6 root staff開頭，則應該由手冊Va回答應該解決問題的問題。 通常，將自己添加到員工中不會有什么壞處，但這本身並不能解決您的問題。 這是為您修改的答案

做：

$ cd /usr/local/lib/R
$ sudo chmod go+w site-library
$ ls -l

打印的行應如下所示：

drwxrwsrwx 2 root staff 0000 Mar 31 00:00 site-library