當R包安裝返回錯誤時，讓Docker映像構建失敗

Question

我正在嘗試使用Dockerfile創建基於Rocker的自定義Docker鏡像。 在Dockerfile中，我使用以下命令從自定義GitLab服務器中提取自己的R包：

RUN R -e "devtools::install_git('[custom gitlab server]', quiet = FALSE)"

一切通常都有效，但我注意到當GitLab服務器關閉或運行Docker的機器內存不足時，程序包無法正確安裝並在R控制台中返回錯誤消息。 這種行為是可以預期的。 但是，Docker沒有注意到R產生的錯誤，並繼續評估Dockerfile的其余部分。 當發生這種情況時，我希望Docker無法構建映像。 這樣，我最終可以阻止Kubernetes自動部署不完整的Docker容器。

到目前為止，我已經想到了兩個可能的解決方案，但我正在努力執行：

1. R級 ：圍繞devtools::install_git包裝tryCatch()以捕獲錯誤。 但那又怎樣？ 使用stop ？ 這會導致Docker構建過程停止嗎？ 可以使用withCallingHandlers()嗎？
2. Dockerfile級別 ：使用shell命令檢查錯誤？ 我找不到R --help的內容，因為我目前沒有Linux機器。 所以我不確定R -e實際上做了什么（執行我推測）以及哪些其他命令可以與R一起傳遞。

似乎在這里和這里討論了類似的問題，但我不明白他們是如何解決它的。

那么如何在沒有自定義包的情況下確保沒有Docker鏡像最終在Kubernetes集群上運行？

Answer 1

一旦Dockerfile一個命令返回非零狀態，Docker構建過程就應該停止。

如果未成功安裝軟件包， install_git似乎不會拋出錯誤，因此執行會繼續。

一個顯而易見的方法是將安裝包裝在專用的R腳本中，如果沒有成功完成則拋出錯誤，然后停止構建。

所以我會建議像這樣......

創建安裝腳本install_gitlab.R ：

### file install_gitlab.R

## change repo- and package name!!

repo <- '[custom gitlab server]'

pkgname <- 'testpackage'

devtools::install_git(repo, quiet = FALSE)

stopifnot(pkgname %in% installed.packages()[,'Package'])

相應地修改Dockerfile （替換install_git行）：

...

Add install_gitlab.R /runscripts/install_gitlab.R

RUN Rscript /runscripts/install_gitlab.R

...

有一點要記住的是，這種方法假定你正在試圖安裝之前調用命令未安裝該軟件包。

Answer 2

如果您使用的是搖桿的形象，他們已經擁有的littler安裝的軟件包，它具有方便的installGithub.r腳本。 我相信它應該已經擁有你想要的功能。 如果沒有，它至少簡化了自定義install_github.r腳本的運行。

使用littler的docker RUN命令看起來像：

RUN installGithub.r "yourRepo"