圖形邊緣寬度與顏色正負相關

Question

我正在嘗試使用分類信息繪制i圖。 原始相關矩陣作為Dput輸出附加。

原始dput文件相關矩陣位於此處

我的代碼如下所示。 假設cor.matrix是相關矩陣（請參閱鏈接以獲取相關信息）。

set.seed(123)

  t = which(abs(cor.matrix) > 0.6 & lower.tri(cor.matrix),arr.ind=TRUE)
  t.graph=graph.data.frame(t,directed=F)
  E(t.graph)$color =ifelse(cor.matrix[t] > 0.6,'magenta','green')

  t.names <- colnames(cor.matrix)[as.numeric(V(t.graph)$name)]
  minC <- rep(-Inf, vcount(t.graph))
  maxC <- rep(Inf, vcount(t.graph))
  minC[1] <- maxC[1] <- 0
  l <- layout_with_fr(t.graph, minx=minC, maxx=maxC,
                       miny=minC, maxy=maxC)      
  plot(t.graph, layout=l, 
       rescale=T,
       asp=0,
       edge.arrow.size=0.5, 
       vertex.label.cex=0.8, 
       vertex.label.family="Helvetica",
       vertex.label.font=2,
       vertex.label=t.names,
       vertex.shape="circle", 
       vertex.size=3, 
       vertex.color="deepskyblue2",
       vertex.label.color="black", 
       edge.width=0.5)

我想完成三件事：

1-具有正負相關的一種顏色。

2-更改邊緣寬度，相關性（正或負）越高，邊緣越厚。

3-具有易於查看的圖形，難以查看和識別節點

非常感謝。

Answer 1

對於點1和2，您只需要將向量傳遞給適當的繪圖參數即可。 對於邊緣顏色，請使用edge.color ；對於邊緣寬度，請使用edge.width您還可以在圖形對象中設置edge屬性，igraph會自動將其用於繪圖。 igraph手冊對此進行了詳細說明： http : //igraph.org/r/doc/plot.common.html

至於第3點，使圖形更具可讀性的唯一方法是將其繪制到更大的畫布上（即提高分辨率）或刪除一些節點。 眾所周知，隨着節點數量的增加，圖形變得難以閱讀，並且與此無關。

library(igraph)
set.seed(123)

cor.matrix <- matrix(runif(100, -1, 1), nrow=10)

t = which(abs(cor.matrix) > 0.6 & lower.tri(cor.matrix),arr.ind=TRUE)
t <- cbind(t, cor.matrix[which(abs(cor.matrix) > 0.6 & lower.tri(cor.matrix),arr.ind=TRUE)]) ##this adds the correlation to the graph as an edge attribute "V3"
t.graph=graph.data.frame(t,directed=F)
E(t.graph)$color <- ifelse(E(t.graph)$V3 > 0,'magenta','green') #You had this as "V3 > 0.6" which I guess works but it is more readable as 0. that way if you decide to lower the correlation threshold you do not have to change this line too.

#t.names <- colnames(cor.matrix)[as.numeric(V(t.graph)$name)]
minC <- rep(-Inf, vcount(t.graph))
maxC <- rep(Inf, vcount(t.graph))
minC[1] <- maxC[1] <- 0
l <- layout_with_fr(t.graph, minx=minC, maxx=maxC,
                    miny=minC, maxy=maxC)      
plot(t.graph, layout=l, 
     rescale=T,
     asp=0,
     edge.arrow.size=0.5, 
     vertex.label.cex=0.8, 
     vertex.label.family="Helvetica",
     vertex.label.font=2,
     #vertex.label=t.names,
     vertex.shape="circle", 
     vertex.size=3, 
     vertex.color="deepskyblue2",
     vertex.label.color="black", 
     #edge.color=E(t.graph)$color, ##do not need this since E(t.graph)$color is already defined.
     edge.width=as.integer(cut(abs(E(t.graph)$V3), breaks = 5)))