如何向R添加搜索路徑？

Question

在本教程中，有一個命令pymol.dccm(cij, pdb, type="launch") 。 但有人告訴我

> pymol.dccm(cij, pdb, type="launch")
Error in pymol.dccm(cij, pdb, type = "launch") : 
  Launching external program failed
  make sure 'C:/python27/PyMOL/pymol.exe' is in your search path
In addition: Warning message:
running command 'C:/python27/PyMOL/pymol.exe -cq' had status 127

我已經在我的 PC 上安裝了pymol 。 我可以問如何向R添加另一個搜索路徑嗎？

現在我認為pymol是一個子包bio3d 。 但是我已經安裝了bio3d並且其他命令可以工作（例如pdb <- read.pdb() ）。 但是為什么pymol命令不起作用？

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我試過

> .libPaths("path/to/pymol2/")

> .libPaths("path/to/pymol2/PyMOL")

> .libPaths("path/to/pymol2/PyMOL/PyMOLWin.exe")

> pymol.dccm(cij, pdb, type="launch")
Error in pymol.dccm(cij, pdb, type = "launch") : 
  Launching external program failed
  make sure 'C:/python27/PyMOL/pymol.exe' is in your search path
In addition: Warning message:
running command 'C:/python27/PyMOL/pymol.exe -cq' had status 127 

> PyMOLWin.dccm(cij, pdb, type="launch")
Error: could not find function "PyMOLWin.dccm"

所以.libPaths沒有返回錯誤。 但是pymol.dccm和PyMOLWin.dccm不起作用。

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我還嘗試在R安裝pymol包

> install.packages("pymol")
Warning in install.packages :
  package ‘pymol’ is not available (for R version 3.2.2)

Answer 1

教程命令本身存在錯誤。 dccm 的正確語法是

pymol(cij, pdb, type="launch",exefile="C:/Program Files/pymol")

其中exefile = file path系統上“PYMOL”程序的exefile = file path （即“PYMOL”是如何調用的）。 如果為 NULL，則使用依賴於操作系統的默認程序路徑。

Answer 2

嘗試以下代碼，它對我來說非常有效：

pymol(cm, pdb.open, type="launch", exefile="C:/Users/Oche/PyMOL/PyMOLWin.exe")

Answer 3

.libPaths("path/to/package/library")可能滿足您的需求。

.libPaths 獲取/設置在其中查找包的庫樹。

使用包名稱而不是包目錄本身設置到目錄的父目錄的路徑。