安裝包

Question

我在安裝軟件包時遇到了這個問題

來自Ricoc v.1.1442上Bioclite的“ TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene”。 下面是錯誤消息：警告消息：/TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene_3.2.2.tar.gz'的狀態為3 2：在install.packages中（pkgs =正在運行，lib = lib，...）：安裝軟件包“ TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene”的退出狀態為非零

我也嘗試安裝此軟件包，但也沒有起作用：install.packages中的警告：軟件包'parallel'不可用（對於R版本3.4.3）install.packages中的警告：軟件包'parallel'是基本軟件包，並且不應更新

我不明白警告的含義，有人可以幫助我解決此問題嗎？

謝謝。

Answer 1

一些進一步的細節將非常有幫助-尤其是您實際使用的代碼。 您正在使用什么操作系統？ 這是R的全新安裝嗎？ 您以前是否安裝過TxDB ...？ 您是否在conda環境或類似環境中工作？ 為什么下載了壓縮版本的軟件包？

在Ubuntu的全新R-3.4.3環境中，我得到以下信息

source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")

## installing source BiocInstaller blah blah success

biocLite("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene")

Warning messages:
1: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘RMySQL’ had non-zero exit status
2: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘GenomicFeatures’ had non-zero exit status
3: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene’ had non-zero exit status

這表明如果我想安裝TxDB，則必須先安裝RMySQL，然后再安裝GenomicFeatures，然后...。

您能張貼您使用的所有代碼以及收到的警告消息的所有內容嗎？