[英]How to find positions of the last occurrence of a pattern in a string, and use these to extract a substring from another string
我需要一些特定問題的幫助,我似乎在本網站上找不到。 我有一個看起來像這樣的結果:
result = "ooooooooooooooooooooooMMMMMMooooooooooooooooooMMMMMMooooooooooMMMMMMMMoo"
這是跨膜預測。 所以對於這個字符串,我有另一個相同長度的字符串,但是是一個氨基酸代碼,例如:
amino_acid_code = "MSDENKSTPIVKASDITDKLKEDILTISKDALDKNTWHVIVGKNFGSYVTHEKGHFVYFYIGPLAFLVFKTA"
我想對最后一個“M”區做一些研究。 這可以在長度上有所不同,以及后面的“o”。 所以在這種情況下,我需要從最后一個字符串中提取“PLAFLVFK”,它對應於最后一個“M”區域。
我已經有了這樣的東西,但我無法弄清楚如何獲得開始位置,而且我也相信一個更簡單(或計算上更好)的解決方案是可能的。
end = result.rfind('M')
start = ?
region_I_need = amino_acid_code[start:end]
提前致謝
要同時找到起始位置, rfind
在切掉result
字符串末尾的字符后再次使用rfind
:
result = "ooooooooooooooooooooooMMMMMMooooooooooooooooooMMMMMMooooooooooMMMMMMMMoo"
amino_acid_code = "MSDENKSTPIVKASDITDKLKEDILTISKDALDKNTWHVIVGKNFGSYVTHEKGHFVYFYIGPLAFLVFKTA"
# add 1 to the indices to get the correct positions
end = result.rfind('M') + 1
start = result[:end].rfind('o') + 1
region_I_need = amino_acid_code[start:end]
print(start, end)
print(amino_acid_code[start:end])
>>> 62 70
>>> PLAFLVFK
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