R：具有兩個分組順序和三列數據的堆疊條形圖

Question

我和我的同事正在嘗試創建一個堆疊的條形圖，該條形圖首先按RIL （在x軸上）分組，然后按Trt分組，其中Trt （處理）聚在一起並按顏色區分。 我們還希望通過處理Trt標記每個聚類中的每個條形圖。

堆疊的條形圖表示SW_Before和SW_After的計算平均值（注意，樣本數據中有一個RIL ，編號206，具有多於一行的數據）。

我本來以為將數據SW_Before和SW_After的兩列組合在一起，但是Trt的控件處理不包含SW_Before和SW_After數據，但是必須包含在圖中。 因此， RIL為每個控制群集繪制了SW_Total的第三列數據

我對R和數據組織領域比較陌生，所以請原諒我的業余能力。

以下是我的數據的可復制示例：

data1 <- read.table (text= "Plant RIL Trt SW_Before SW_After SW_Total 
1 85 206 Early 0.380 2.27 2.65
2 88 166 Early 0 0.311 0.311
3 92 Lindo Early 0 0.663 0.633
4 94 158 Early 0.0738 0.596 0.669 
5 95 23 Early 0.0252 0.543 0.795
6 97 Lica Early 0 0.646 0.646
7 104 166 Peak 0.227 0.261 0.488
8 108 Lica Peak 0.0705 0.816 0.887
9 113 Lindo Late 0.628 0 0.628
10 115 206 Late 0.544 1.05 1.60
11 115 206 Control NA NA 1.50", sep="", header=T)    

我意識到，創建這張圖比想象的要困難得多，因此，任何幫助/指導都將倍受贊賞。

編輯：

我現在嘗試通過RIL和Trt繪制平均variable （包括SW_Total ， SW_Before和SW_After ）的SW_After 。 這是我的代碼：

melted1 <- melt(data.baSW, id=c("Plant", "RIL", "Trt"))
melted1 <- subset(melted1, RIL %in% c("158", "166", "206", "23", "Licalla", "Lindo"))


melted1 %>%
  group_by(Trt, RIL, variable) %>%
  mutate(mean.SW_Total = mean(value)) %>%
  ggplot(aes(x = RIL, y = mean.SW_Total, fill = variable)) + 
  geom_bar(stat = 'identity', position = 'stack') + facet_grid(~ Trt)

編輯2

我已經升級了代碼以響應我的編輯＃1。 我相信這是正確的代碼，但驗證會很好。

melted1 %>%
  ggplot(aes(x = RIL, y = value, fill = variable)) + 
  geom_bar(stat = 'summary', position = 'stack', fun.y = "mean") + facet_grid(~ Trt)

Answer 1

我不確定100％是否正確解釋了您的問題，但是我認為這很接近您想要的（從此處進行調整）。

library(reshape2) # for melt
library(tidyverse)

# convert all total values to 0 except that for the control ...
data1 <- data1 %>%
mutate(SW_Total = ifelse(Trt != "Control", 0, SW_Total))

#convert to long format
melted <- melt(data1, id=c("Plant","RIL","Trt"))

ggplot(melted, aes(x = RIL, y = value, fill = variable)) + 
  geom_bar(stat = 'identity', position = 'stack') + facet_grid(~ Trt)