{ 中的錯誤：任務 1 失敗 - 在 foreach 循環中使用 ncvar_get（ncdf4 包）“從 C 調用返回的錯誤”

Question

我正在嘗試從 .nc 文件中提取數據。 由於我的文件中有 7 個變量，因此我想使用 foreach 在所有 7 個變量中循環 ncvar_get 函數。

這是我的代碼：

 # EXTRACTING CLIMATE DATA FROM NETCDF4 FILE

library(dplyr)
library(data.table)
library(lubridate)
library(ncdf4)
library(parallel)
library(foreach)
library(doParallel)

# SET WORKING DIRECTORY
setwd('/storage/hpc/data/htnb4d/RIPS/UW_climate_data/')

# SETTING UP
cores <- detectCores()
cl <- makeCluster(cores) 
registerDoParallel(cl)

# READING INPUT FILE
infile <- nc_open("force_SERC_8th.1979_2016.nc")
vars <- attributes(infile$var)$names
climvars <- vars[1:7]

# EXTRACTING INFORMATION OF STUDY DOMAIN:
tab <- read.csv('SDGridArea.csv', header = T)
point <- sort(unique(tab$PointID)) #6013 points in the study area

# EXTRACTING DATA (P, TMAX, TMIN, LW, SW AND RH):
clusterEvalQ(cl, {
  library(ncdf4)
})
clusterExport(cl, c('infile','climvars','point'))
foreach(i = climvars) %dopar% {
   climvar <- ncvar_get(infile, varid = i) # all data points 13650 points
   dim <- dim(climvar)
   climMX <- aperm(climvar,c(3,2,1))
   dim(climMX) <- c(dim[3],dim[1]*dim[2])
   climdt <- data.frame(climMX[,point]) #getting 6013 points in the study area
   write.table(climdt,paste0('SD',i,'daily.csv'), sep = ',', row.names = F)
}
stopCluster(cl)

錯誤是：

Error in { : task 1 failed - "error returned from C call"
Calls: %dopar% -> <Anonymous>
Execution halted

你能解釋一下這段代碼有什么問題嗎？ 我認為這與集群無法找出從文件中獲取哪個變量有關，因為“從 C 調用返回的錯誤”通常來自 ncvar_get varid 參數。

Answer 1

我在 MacBook Pro (OSX 10.12.5) 上運行類似的 R 腳本時遇到了同樣的問題（相同的錯誤消息）。 問題似乎是來自 foreach 循環的不同工作人員嘗試使用 ncvar_get 同時訪問相同的 .nc 文件。 這可以通過在 foreach 循環外使用 ncvar_get（將所有數據存儲在一個大數組中）並從 foreach 循環內訪問該數組來解決。

Answer 2

我在最近購買的工作機器上遇到了同樣的問題。 但是，相同的代碼在我的家庭服務器上運行良好。

不同之處在於，在我的服務器上，我構建了啟用並行訪問的netCDF庫（這需要使用某些 MPI 編譯器編譯的HDF5 ）。

我懷疑這個功能可以防止 OP 的錯誤發生。

編輯：

為了讓 NetCDF 具有並行 I/O，首先您需要使用以下參數構建 HDF5：

./configure --prefix=/opt/software CC=/usr/bin/mpicc CXX=/usr/bin/mpicxx FC=/usr/bin/mpifort

然后，在構建 NetCDF C 和 Fortran 庫時，您還可以啟用並行 I/O 測試以確保一切正常：

./configure -prefix=/opt/software --enable-parallel-tests CC=/usr/bin/mpicc CXX=/usr/bin/mpicxx (C 版)

./configure --prefix=/opt/software --enable-parallel-tests CC=/usr/bin/mpicc FC=/usr/bin/mpifort F77=/usr/bin/mpifort （Fortran 版本）

當然，為了做到這一點，您需要在您的計算機上安裝某種 MPI 庫（MPICH、OpenMPI）。