biopython 沒有名為 Bio 的模塊

Question

僅供參考：這不是重復的！

在運行我的 python 代碼之前，我在 cmd 提示符下安裝了 biopython：

pip install biopython

然后，當我嘗試在 python 中導入它時，我收到一條錯誤消息，提示“沒有名為 Bio 的模塊”

import Bio

同樣的事情發生在

import biopython     

應該注意的是我已經更新了 PIP 並運行了 python 3.5.2
我感謝任何人的幫助。

Answer 1

使用這個：

pip3 install biopython

然后import Bio為我工作

Answer 2

當我遇到這個問題時，我注意到在我使用 pip install biopython 安裝 biopython 后，site-packages 文件夾中的模塊目錄是用小寫而不是大寫字母編寫的。 總而言之，該文件夾被命名為 bio 而不是 Bio，所以我只是重命名了該文件夾，一切都開始正常工作了。 我是編程新手，所以我知道這不是最優雅的解決方案，但它對我有用，所以我希望我的回答對你們中的一些人有用。 :)

Answer 3

我剛剛遇到了這個問題，問題是小寫生物與大寫生物。 原來問題是它在 python 2 和 3 上的安裝不同。在 Python 2 中你做import Bio ，但在 python 3 import bio 。 如果您遇到此問題，可能是出於同樣的原因，解決方案可能是確保您使用的 Python 版本名稱正確。

Answer 4

pip3 ❌ 對我來說並不完全有效，因為導入函數時出現問題。

conda install biopython 

✔️為我工作。

Answer 5

將站點包名稱從 bio 重命名為 Bio

C:\Users\user\Anaconda3\Lib\site-packages\bio

C:\Users\user\Anaconda3\Lib\site-packages\Bio

它對我有用！

Answer 6

在 Windows 上，它將 bio 包安裝在名為 bio 的頂級目錄中，小寫 b。 要解決此問題，請將目錄重命名為大寫 b、Bio。

很明顯biopython的人對勝負不太在意

Answer 7

正如其他人所說，Biopython 似乎只適用於 python 3.5。 在我當前的環境中，我有 python 2.7，所以用 python 3.5 創建一個 Conda 環境為我解決了這個問題。

conda create -n mypython3.5 python=3.5

然后激活環境：

conda activate mypython3.5

並在其上安裝 Biopython：

conda install -c conda-forge biopython

就我而言，我還必須在新環境中安裝 Prodigal 才能運行我的腳本：

conda install -c bioconda prodigal

Answer 8

在我的情況下（MacOS X Catalina，由 brew 安裝的 python 3.7.6），我必須安裝它

python -m pip install Bio

（大寫）但使用它

from bio import pairwise2

更糟糕的是，我不得不更改包的代碼：我進入python3.7/site-packages/bio/pairwise2.py ，第 246 行，更改

from Bio import BiopythonWarning

進入

from bio import BiopythonWarning

我討厭更改包的代碼，在下一次更新時它不會再工作了……請做點什么來解決這個生物/生物問題。

Answer 9

我有同樣的錯誤。 事實證明

進口生物

作品

而不是導入 biopython ！

Answer 10

就我而言，我在嘗試安裝 BioPython 時遇到錯誤，“BioPython 需要大於 3.6 的 Python 版本”

所以安裝最新版本為我修復了它。

Answer 11

在 Windows 上運行 python 時，我無法導入 biopython。

我嘗試了幾種解決方案，將目錄名稱更改為大寫/小寫，如https://stackoverflow.com/a/60753930/10884907以及使用“Bio”、“bio”、“biopyhton”導入時的不同調用方式。 沒有人在工作。

但是，它在 linux 中就像在手動指南中一樣簡單，我做了pip3 install biopython並使用import Bio工作！

Answer 12

我試過pip3 install biopython但它對我不起作用。

但這有效！ - !pip install biopython

Answer 13

我嘗試了以上所有方法，但都沒有成功。 我從 Python 3.8 切換到 Python 3 並且奏效了。

Answer 14

如果你現在遇到這個問題並且發現你的python版本高於3.8：創建一個虛擬環境，將python降級到3.8，如果你使用的是jupyter notebook，在你的環境中重新安裝它。