將文本文件中的單個字符存儲到矢量C ++中時的std :: bad_alloc

Question

因此，我的目標是從文件中讀取並存儲單個字符（它們是基因組序列）。 文件很大，基本上看起來像這樣：

>gi|188033402|emb|CU859091.1| A BAC library has been constructed from PN40024...
AGCTCCTTTTTAAAACAACATTCAAGAAATTGGAGTTTGGCATTTTTACAAAGAGCATATTCAGCTCTGG
GAAGTATTTCTTGAGCAAAGAGGAGCGAAAATAGATCCTAAATGTTCCCCAGATTTTCCCCAGATTCCAA

以“>”字符開頭的行可以完全忽略。 所以基本上我只需要“ AGCTCCTTTTTA ...”部分。

我的代碼適用於較小的文件，但是對於較大的文件會崩潰。 我試圖找出這里的內存問題以及如何解決它。 運行文件時出現的錯誤是：

terminate called after throwing an instance of 'std::bad_alloc'
   what(): std::bad_alloc
Aborted (core dumped)

這是我的簡化代碼，用於讀取單個字符並將其存儲到向量中：

int main(int argc, char * argv[])
{
   ifstream file (argv[1]);

   vector<char> sequenceA; // to store the single characters
   string line; // to grab lines from the file
   char c; // to grab the single character from the file

   // go through the file
   while(getline(file,line))
   {
      //store the line
      stringstream stream(line);

      // go through and grab each single character in the line
      while(stream.get(c))
      {
         if(c == '>')
         {
            // break and continue to the next line
            break;
         }
         else
         {
            // add the character to the list
            sequenceA.push_back(c);
         }
      }
   }

我一直在尋找關於stackoverflow的其他“ std :: bad_alloc”帖子，但似乎找不到幫助我解決問題的帖子，因此，我們將不勝感激！ 如果您不知道，我還是編程新手，不勝感激。

非常感謝你！

Answer 1

這意味着程序最終將請求連續的內存塊，該內存塊應足夠大，以致系統無法提供。

如果您堅持使用該方法，則快速解決方法可能是使用deque而不是vector 。