在pytest中運行Jupyter筆記本測試。 OSERROR

Question

我有一個python測試，它應該運行Jupyter筆記本文件並檢查它是否有錯誤。 當我運行它時，它返回一個錯誤： OSError: [Errno 8] Exec format error: './file.ipynb'

有誰知道如何解決這一問題？

我在類似問題中發現的似乎不是我的情況。

我的代碼如下：

import os
import subprocess
import tempfile

import nbformat


def _notebook_run(path):
    """Execute a notebook via nbconvert and collect output.
       :returns (parsed nb object, execution errors)
    """
    dirname, __ = os.path.split(path)
    os.chdir(dirname)
    with tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".ipynb") as fout:
        args = [path, fout.name, "nbconvert", "--to", "notebook", "--execute",
          "--ExecutePreprocessor.timeout=60",
          "--output"]
        subprocess.check_call(args)

        fout.seek(0)
        nb = nbformat.read(fout, nbformat.current_nbformat)

    errors = [output for cell in nb.cells if "outputs" in cell
                     for output in cell["outputs"]\
                     if output.output_type == "error"]

    return nb, errors

def test_ipynb():
    nb, errors = _notebook_run('./file.ipynb')
    assert errors == []

Answer 1

你的args錯了。 你實際上是在呼喚什么

$ ./file.ipynb tempfile.ipynb nbconvert --to notebook \
    --execute --ExecutePrerocessor.timeout=60 --output

這不起作用，因為file.ipynb不是可執行文件。 你需要調用jupyter ：

$ jupyter nbconvert ./file.ipynb --output tempfile.ipynb --to notebook \
    --execute --ExecutePrerocessor.timeout=60

轉換為Python args ，這將是例如：

import shutil

...

jupyter_exec = shutil.which('jupyter')
if jupyter_exec is not None:
    args = [jupyter_exec, "nbconvert", path, 
            "--output", fout.name, 
            "--to", "notebook", 
            "--execute", "--ExecutePreprocessor.timeout=60"]
    subprocess.check_call(args)
else:
    # jupyter not installed or not found in PATH