[英]Using text annotations with plotly::subplot
我有想要繪制分布密度的數據。 數據來自三組,每組都有三個狀態,每個狀態都有一個概率,這些概率之和為1。
我正在嘗試使用R
的plotly
來為每個組繪制概率的密度,按狀態進行顏色編碼,並為每個此類plotly
添加一些文本annotation
。 最后,我嘗試使用plotly::subplot
組合所有這些plotly::subplot
。
這是生成數據和組圖list
的代碼:
library(dplyr)
library(reshape2)
library(plotly)
set.seed(1)
plot.list <- lapply(1:3,function(g){
if(g == 1){
show.legend <- T
} else{
show.legend <- F
}
df <- data.frame(id=LETTERS,t(sapply(1:length(LETTERS),function(x){
probs <- runif(3,0,1)
return(probs/sum(probs))
}))) %>% dplyr::rename(S1=X1,S2=X2,S3=X3) %>%
reshape2::melt() %>% dplyr::rename(state=variable,probability=value)
df$state <- factor(df$state,levels=c("S1","S2","S3"))
density.df <- do.call(rbind,lapply(levels(df$state),function(s){
dens <- density(dplyr::filter(df,state == s)$probability)
return(data.frame(x=dens$x,y=dens$y,state=s,stringsAsFactors=F))
}))
density.df$state <- factor(density.df$state,levels=levels(df$state))
dens.plot <- plot_ly(x=~density.df$x,y=~density.df$y,type='scatter',mode='lines',color=~density.df$state,showlegend=show.legend) %>%
layout(xaxis=list(title="Probability",zeroline=F),yaxis=list(title="Count",zeroline=F)) %>%
add_annotations(x=0.75,y="top",text=paste0("text: ",g))
if(show.legend) dens.plot <- dens.plot %>% add_annotations(text="State",xref="paper",yref="paper",x=1.02,xanchor="left",y=1.02,yanchor="top",legendtitle=T,showarrow=F)
return(dens.plot)
})
請注意,我只是將legend
添加到第一組中,因此它在最終分組圖中僅出現一次(可能有一種更優雅的實現方式)。
這是我正在使用的plotly::subplot
命令:
subplot(plot.list,nrows=3,shareX=T,shareY=T,titleX=T,titleY=T)
這使:
如您所見,文本annotation
停留在第一個圖的“頂部”,而不是每個單獨圖的頂部。
知道如何將每個annotation
放置在其相應子圖的頂部嗎?
前言。 出於我不完全清楚的原因(但與運行subplot
時批注的值如何縮放有關),批注似乎與垂直堆疊的子圖不符。 要查看此信息,請在https://plot.ly/r/text-and-annotations/#subplot-annotations上運行MWE,但要進行更改
subplot(p1, p2, titleX = TRUE, titleY = TRUE)
至
subplot(p1, p2, titleX = TRUE, titleY = TRUE, nrows = 2)
在垂直堆疊的版本中,注釋不在我們期望的位置。 為了獲得所需的結果,需要subplot
輸出進行一些后處理。 現在,到您的主要問題。
首先,在add_annotations
,添加與每個subplot
相對應的xref
和yref
參數。 在plot.list
每個元素中,我還添加了一個附加元素y_anno
來跟蹤我們希望注解的位置(每個子圖中密度的最大值)。
plot.list <- lapply(1:3,function(g){
if(g == 1){
show.legend <- T
} else{
show.legend <- F
}
df <- data.frame(id=LETTERS,t(sapply(1:length(LETTERS),function(x){
probs <- runif(3,0,1)
return(probs/sum(probs))
}))) %>% dplyr::rename(S1=X1,S2=X2,S3=X3) %>%
reshape2::melt() %>% dplyr::rename(state=variable,probability=value)
df$state <- factor(df$state,levels=c("S1","S2","S3"))
density.df <- do.call(rbind,lapply(levels(df$state),function(s){
dens <- density(dplyr::filter(df,state == s)$probability)
return(data.frame(x=dens$x,y=dens$y,state=s,stringsAsFactors=F))
}))
density.df$state <- factor(density.df$state,levels=levels(df$state))
dens.plot <- plot_ly(x=~density.df$x,
y=~density.df$y,
type='scatter',
mode='lines',
color=~density.df$state,
showlegend=show.legend) %>%
layout(xaxis=list(title="Probability",zeroline=F),yaxis=list(title="Count",zeroline=F)) %>%
add_annotations(x = 0.75,
y = max(density.df$y),
text = paste0("text: ", g),
xref = paste0("x", g), # add this
yref = paste0("y", g), # add this
ax = 0,
ay = 0)
if(show.legend) dens.plot <- dens.plot %>% add_annotations(text="State",xref="paper",yref="paper",x=1.02,xanchor="left",y=1.02,yanchor="top",legendtitle=T,showarrow=F)
dens.plot$y_anno <- max(density.df$y) # add this
return(dens.plot)
})
現在,如果我們運行subplot(plot.list,nrows=3,shareX=T,shareY=T,titleX=T,titleY=T)
,則文本將出現在每個子圖中,但不在頂部(由於這種現象在序言中描述)。 為了解決這個問題,我們可以subplot
輸出進行后處理:
p <- subplot(plot.list, nrows = 3,shareX = T,shareY = T,titleX = T,titleY = T)
for (i in seq_along(plot.list)) {
for (j in seq_along(p$x$layout$annotations)) {
if (p$x$layout$annotations[[j]]$yref == paste0("y", i))
p$x$layout$annotations[[j]]$y <- plot.list[[i]]$y_anno
}
}
現在p
給我們
這接近我們想要的。
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