使用MacOS終端在同一目錄中的多個VCF文件上執行Plink

Question

我目前有許多VCF文件，我正在將它們轉換為plink格式。 我是通過使用以下參數從終端運行plink來實現的。

./plink --vcf BH4_F3_F2.g.vcf.gz --recode --const-fid --allow-extra-chr --out BH4_F3_F2

但是我需要在大約100個具有不同名稱的命令上運行此命令，例如BH4_F3_F2.g.vcf.gz BH4_F2_F1.g.vcf.gz

有沒有一種方法可以不必單獨執行每個操作？

Answer 1

檢查for循環語法。 就像是

for vcf in *vcf
do
    ./plink --vcf "$vcf" --recode --const-fid --allow-extra-chr --out "$vcf.plink"
done

Answer 2

@Poshi這些句子都是bash嗎？ 我是生物信息學領域的新手