R如何可視化成對對齊

Question

如何可視化兩個序列的完全比對？

library(Biostrings)
s1 <-DNAString("ACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATCAAAGGAAACGCAAAGTTTTCACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATCAAAGGAAACGCAAAGTTTTCAAGAAGACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATCAAAGGAAACGCAAAGTTTTCAAG")
s2 <-DNAString("GTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTAAATATATGTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTGTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTAAATATATAAATATATAAAAATATAATTTTCATCAAATATATAAATATATAAAAATATAATTTTCATCAAATATATAAAAATATAATTTTCATC")
pairwiseAlignment(s1,s2)

輸出：

Global PairwiseAlignmentsSingleSubject (1 of 1)
pattern: [1] ACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATCAAAGGAAACGCAAAGT--TTTCAC---...CTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTG-ATCAAAGG---AAACGCAAAGTTTTCAAG 
subject: [1] GTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTAAAT-ATATGTTTCACTACTTCCTTTCGGGTA...TATATAAATATATAAAAATATAATTTTCATCAAATATATAAAAATATAATTTTCATC 
score: -394.7115 

在這里，僅顯示了部分對齊？ 您知道繪制或打印路線的任何現有功能嗎？

Answer 1

您可以在?pairwiseAlignments下找到有關如何提取對齊的模式和主題序列的信息和詳細信息。

這是一個基於您提供的樣本數據的示例：

1. 將成對對齊方式存儲在PairwiseAlignmentsSingleSubject對象中

    alg <- pairwiseAlignment(s1,s2) 

2. 提取對齊的模式和主題序列，並將它們合並到DNAStringSet對象中。

    seq <- c(alignedPattern(alg), alignedSubject(alg)) 

3. 您可以使用as.character訪問完整序列

    as.character(seq) [1] "ACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATCAAAGGAAACGCAAAGT--TTTCAC--------TTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTGATC---AAAGG---AAACGCAAAGTTTTCAAGAAGACTTCACCAGCTCCCTGGCGGTAAGTTG-ATCAAAGG---AAACGCAAAGTTTTCAAG" [2] "GTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTAAAT-ATATGTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTGTTTCACTACTTCCTTTCGGGTAAGTAAATATATAAATATATAAAAATATAATTTTCATCAA-ATATATAAATATATAAAAATATAATTTTCATCAAATATATAAAAATATAATTTTCATC" 

   似乎alignedPattern和alignedSubject是最近才添加到Biostrings 。 或者你可以做

    seq <- c(aligned(pattern(alg)), aligned(subject(alg))) 

   但請注意，這會修剪全局對齊的序列（請參閱詳細信息 ）。

4. 有一個不錯的R / Bioconductor軟件包DECIPHER ，它提供了一種在Web瀏覽器中可視化XStringSet數據的方法。 它會在底部自動添加顏色編碼和共識序列。 在你的情況下，你會做

    library(DECIPHER) BrowseSeqs(seq)