Windows 10中RStudio的環境問題

Question

我已經使用R多年了，並認為自己在R方面相當流利（盡管公認地仍在努力應對代碼中的優雅概念）。 話雖這么說，但我現在遇到了我以前從未遇到過的問題，我認為這可能與我的新計算機或Windows 10本身有關。 為了說明，我的工作最近為我提供了一台功能更強大的計算機，但是它運行的是Windows 10，而不是以前擁有的Windows 7 Professional。

盡我所能，我仍然可以在.GlobalEnv中使用變量（逐行操作），沒有問題，但是如果我嘗試在已編寫的函數中運行進程，則我將在函數被隨機遺忘，並且為我提供（例如）錯誤“錯誤eval（parse（text = i））：找不到對象'i'”，即使'i'的編碼為“ for（i in vars ）”。

最重要的是，我已經測試了我的一些較舊的函數，這些函數會常規使用這些進程，並且它們在本機上拋出了我以前的函數中不存在的錯誤。

這是Windows 10的兼容性問題嗎？ 可能與OS如何在線程之間拆分R進程有關嗎？ 有人有什么主意嗎？

我將提供引發錯誤的代碼片段。 如果其他人可以復制它，並告訴我他們認為錯誤在哪里，我將不勝感激。

謝謝！

adonis.tbl <- function(dist, meta, vars){
  # where dist is a distance matrix of samples with distances based on 
  # community composition, meta is a table with metadata, 
  # and vars is a list of variables in meta, given as character strings
  # row.names in dist must match the corresponding sample names in meta, 
  # named 'SampleID' in the metadata table
  require(vegan)
  out <- data.frame()
  for (i in vars){
    ado <- adonis2(dist ~ eval(parse(text=i)),
                   data=meta[which(row.names(dist)%in%meta$SampleID),])
    out1 <- data.frame(R2=ado$R2[1], p=ado$`Pr(>F)`[1])
    out <- rbind(out, out1)
  }
  row.names(out) <- vars
  return(out)
}

另外，這是一些偽代碼，可通過上述功能重現錯誤。

dat <- matrix(runif(150, 1, 1000), 15, 10, dimnames=list(letters[1:15], LETTERS[6:15]))

tree <- ape::rtree(10, tip.label=LETTERS[6:15])

dist <- GUniFrac::GUniFrac(dat, tree, 0)

bdist <- dist$unifracs[,,2]

meta <- data.frame(SampleID=letters[1:15], 
                   var1=round(runif(15, 1, 5000)), 
                   var2=round(runif(15, 1, 1000)), 
                   var3=round(runif(15, 1, 500)))

test <- adonis.tbl(bdist, meta, c("var1", "var2", "var3"))

Answer 1

我不能說為什么在沒有更多工作的情況下問題就會發生，但是幾乎總是有一個比eval(parse(...))更強大的解決方案。 在這種情況下， reformulate()似乎可以工作（我從下一行中刪除了顯然多余的which() ，但這無關緊要）：

ado <- adonis2(reformulate(i,response="dist"),
               data=meta[row.names(dist)%in%meta$SampleID,])

我得到NA / NaN結果，但是我想那是因為這里的樣本數據集是微不足道的。