將R的稀疏地塊從素食轉換為ggplot2？

Question

嗨，我正在運行“vegan”包中的物種估算計算。

我正在運行的代碼非常簡單：

library(vegan)    
data(BCI)
p<-poolaccum(BCI, permutations = 50)
p.plot<-plot(p, display = c("chao", "jack1", "jack2"))

對象p.plot是格子類型對象。 所以我無法將其轉換為ggplot的數據幀。 我希望能夠使用ggplot的原因是因為我希望所有的估算曲線都與標簽位於同一個圖形上。 我也在為其他數據集做這些圖，我想盡可能地整合空間。

任何幫助都會很棒！ 謝謝

Answer 1

summary(p)可以幫助您獲取ggplot2的輸入數據。 我在這里展示了Chao的情節：

library(ggplot2)
library(reshape2)
chao <- data.frame(summary(p)$chao,check.names = FALSE)
colnames(chao) <- c("N", "Chao", "lower2.5", "higher97.5", "std")
chao_melt <- melt(chao, id.vars = c("N","std"))
ggplot(data = chao_melt, aes(x = N, y = value, group = variable)) +
  geom_line(aes(color = variable)) 

p是你得到的p<-poolaccum(BCI, permutations = 50)輸出是這樣的，你可以對多個圖和主題進行一些調整。