[英]Fast Wald confidence intervals for a glm with broom in R
我想在一個稍大的數據集上計算一個glm系數的Wald置信區間,並使用broom
來獲得整潔的輸出。
mydata <- data.frame(y = rbinom(1e5,1,0.8),
x1 = rnorm(1e5),
x2 = rnorm(1e5))
glm.1 <- glm(y ~ x1 + x2, data = mydata, family = "binomial")
使用broom::tidy
會占用大量數據,因為它使用confint.glm
,它根據分析的對數似然函數計算置信區間。
tidy(glm.1, conf.int = TRUE) # can take literally hours
confint
和confint.glm
分別不對用於計算置信區間的方法進行參數。 如果要使用其他方法,則需要使用其他函數,例如Wald的confint.default
。
broom::tidy
反過來沒有使用函數的參數(或者我錯過了什么?),它總是調用confint.glm
for glm。
要使用不同的函數計算置信區間, broom
會有confint_tidy
,您可以在其中指定要使用的函數:
confint_tidy(glm.1, func = stats::confint.default)
把它與估算結合在一起:
cbind(tidy(glm.1), confint_tidy(glm.1, func = stats::confint.default))
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