無法繪制石榴圖（找不到 pygraphviz）

Question

我不明白發生了什么，但我似乎不再能夠從 PyCharm 內部繪制石榴圖。 我正在使用 conda 作為包管理器，並且已經照常進行了：

conda install graphviz
conda install python-graphviz

但每次我從 PyCharm 內部調用model.plot()時，我都會得到

Traceback (most recent call last):
  File "<input>", line 1, in <module>
  File "/Applications/PyCharm.app/Contents/helpers/pydev/_pydev_bundle/pydev_umd.py", line 198, in runfile
    pydev_imports.execfile(filename, global_vars, local_vars)  # execute the script
  File "/Applications/PyCharm.app/Contents/helpers/pydev/_pydev_imps/_pydev_execfile.py", line 18, in execfile
    exec(compile(contents+"\n", file, 'exec'), glob, loc)
  File "/Users/.../xai/import.py", line 36, in <module>
    model.plot()
  File "pomegranate/BayesianNetwork.pyx", line 281, in pomegranate.BayesianNetwork.BayesianNetwork.plot
ValueError: must have pygraphviz installed for visualization

我顯然已經嘗試安裝pygraphviz但它似乎沒有什么區別

Answer 1

我剛剛遇到了同樣的問題。 我解決了安裝 graphviz 開發包的問題。 在 openSUSE 存儲庫中，它被稱為graphviz-devel 。

它的描述說：

graphviz-devel 包包含開發使用 graphviz 庫（包括 man3 頁面）的程序所需的一切。

Answer 2

遇到了類似的問題，雖然@Baumann 的解決方案對我不起作用，但安裝matplotlib解決了我的問題（Win10 和 WSL 下的 python 3.6）。

pip 安裝 matplotlib

提出這個建議的背景： BayesianNetwork.pyx中的石榴代碼使用相同的 try 語句捕獲多個導入異常（參見下面的代碼，也可在github 上找到，最新提交 f116357 ，在我的情況下，即使我安裝了pygraphviz ，但沒有安裝matplotlib導致令人沮喪的異常被提出。

第 40 行以后：

try:
    import tempfile
    import pygraphviz
    import matplotlib.pyplot as plt
    import matplotlib.image
except ImportError:
    pygraphviz = None

然后從第 222 行開始：

if pygraphviz is not None:
    G = pygraphviz.AGraph(directed=True)

    for state in self.states:
        G.add_node(state.name, color='red')

    for parent, child in self.edges:
        G.add_edge(parent.name, child.name)

    if filename is None:
        with tempfile.NamedTemporaryFile() as tf:
            G.draw(tf.name, format='png', prog='dot')
            img = matplotlib.image.imread(tf.name)
            plt.imshow(img)
            plt.axis('off')
    else:
        G.draw(filename, format='pdf', prog='dot')

else:
    raise ValueError("must have pygraphviz installed for visualization")