根據兩個共同的列連接兩個文件

Question

我有兩個文件正在嘗試基於第一列和第二列加入/合並。 下面是所需的輸出，我正在尋找。 我想強調一件事，我想合並這兩個文件，而不僅僅是交集。 任何幫助將不勝感激！

$ cat file1
2L      5753   33158
2L      8813   33158
2L      7885   33159
2L      1279   33159
2L      5095   33158
$
$ cat file2
2L      8813    0.6    1.2
2L      5762    0.4    0.5
2L      1279    0.5    0.9
$

Desired Output:
2L      5753                33158
2L      8813    0.6    1.2  33158
2L      7885                33159
2L      1279    0.5    0.9  33159
2L      5095                33158
2L      5762    0.4    0.5

我發現了一個類似的帖子，但似乎需要一些調整才能滿足我的想法。 URL 是： 類似的 Stackoverflow 鏈接

Answer 1

與gawk ：

$ gawk -F$'\t' -v OFS=$'\t' 'FNR==NR{l[$1,$2]=$0; next}  
                       l[$1,$2]{print l[$1,$2],$3; delete l[$1,$2]; next} 
                        {print $1,$2,OFS,$3}
                        END{for (e in l) if(l[e]) print l[e]}' f2 f1
2L  5753            33158
2L  8813    0.6 1.2 33158
2L  7885            33159
2L  1279    0.5 0.9 33159
2L  5095            33158
2L  5762    0.4 0.5

這假設\\t分隔字段。

Answer 2

以下 bash 腳本讀取 file1 中的每一行，從 file2（的副本）中提取相應的行，合並這兩行，並將結果打印到 stdout。 最后，file2（剩下的）被打印出來。

temp=$(mktemp)
cp file2 $temp
while read col1 col2 arg3; do
  line=$(sed -r -i -e "/^$col1\ +$col2/ {w /dev/stdout" -e "d}" $temp)
  arg1=$(awk '{print $3}' <<< $line)
  arg1=${arg1:-   }
  arg2=$(awk '{print $4}' <<< $line)
  arg2=${arg2:-   }
  echo -e "$col1\t$col2\t$arg1    $arg2\t$arg3"
done < file1
cat $temp
rm $temp

sed命令的想法取自 dhakimian 對 Gilles 關於使用sed打印和刪除文件第一行的回答的擴展。