For循環：處理UNIX中不同文件夾中的文件

Question

我試圖尋找類似主題的問題的答案，但沒有成功。 也許我忽略了。 任何幫助表示贊賞！

因此，我在當前目錄中有數百個文件夾，名稱從folder1000到folder1500。 在每個文件夾中，我都有一個.fastq文件，其名稱不同（Lib1.fastq，Lib2.fastq等）。 我想通過運行Shell腳本在一個循環命令中繼續處理這些文件。

這是我在終端中運行的一個文件的shell腳本（script.sh）（它將創建輸出，並進一步處理）：

#!/bin/sh
bowtie --threads 4 -v 2 -m 10 -a genome Lib1.fastq --sam > Lib1.sam
samtools view -h -o Lib1.sam Lib1.bam
sort -k 3,3 -k 4,4n Lib1.sam > Lib1.sam.sorted
# ...etc

這是我嘗試在Shell腳本中執行的循環（在這里，我僅從一個簡單的check“ head”命令開始，並且僅從5個第一個文件夾開始），該循環從所有文件夾所在的當前目錄運行：

#!/bin/sh

for file in ./folder{1000..1005}
do
head -10 *.fastq
done

但是結果是：

head: *.fastq: No such file or directory
head: *.fastq: No such file or directory
head: *.fastq: No such file or directory
head: *.fastq: No such file or directory
head: *.fastq: No such file or directory

因此，即使是簡單的檢查命令也無法對我有效。 不知何故我看不到該文件。 但是，如果我直接在其中一個文件夾中運行命令：

MacBook-Air-Maxim:folder1000 maxim$ head -10 *.fastq

然后我得到正確的結果（顯示文件的前10行）。

有人可以建議以最方便的方式處理所有文件的方法嗎？

非常感謝，非常抱歉，我正在學習。

Answer 1

好吧，您正在使用變量$file遍歷文件夾，但沒有在循環體中使用此變量。 只需使用它：

#!/bin/sh

for file in ./folder{1000..1005}
do
    head -10 $file/*.fastq
done

總體問題中還有其他問題，但這就是阻止您的答案。 讓我們一一解決問題:-)