MongoDB 在帶有 docker 的設備上沒有剩余空間

Question

我的 MongoDB 卡住並返回以下錯誤：

2019-01-28T18:28:53.419+0000 E STORAGE  [WTCheckpointThread] WiredTiger error (28) [1548700133:419188][1:0x7feecb0ae700], file:WiredTiger.wt, WT_SESSION.checkpoint: /data/db/WiredTiger.turtle.set: handle-open: open: No space left on device
2019-01-28T18:28:53.419+0000 E STORAGE  [WTCheckpointThread] WiredTiger error (22) [1548700133:419251][1:0x7feecb0ae700], file:WiredTiger.wt, WT_SESSION.checkpoint: WiredTiger.wt: the checkpoint failed, the system must restart: Invalid argument
2019-01-28T18:28:53.419+0000 E STORAGE  [WTCheckpointThread] WiredTiger error (-31804) [1548700133:419260][1:0x7feecb0ae700], file:WiredTiger.wt, WT_SESSION.checkpoint: the process must exit and restart: WT_PANIC: WiredTiger library panic
2019-01-28T18:28:53.419+0000 F -        [WTCheckpointThread] Fatal Assertion 28558 at src/mongo/db/storage/wiredtiger/wiredtiger_util.cpp 361
2019-01-28T18:28:53.419+0000 F -        [WTCheckpointThread]

***aborting after fassert() failure

2019-01-28T18:28:53.444+0000 F -        [WTCheckpointThread] Got signal: 6 (Aborted).

但是，我的磁盤有空間：

df -h

Filesystem      Size  Used Avail Use% Mounted on
udev            992M     0  992M   0% /dev
tmpfs           200M  5.7M  195M   3% /run
/dev/xvda1       39G   26G   14G  66% /
tmpfs          1000M  1.1M  999M   1% /dev/shm
tmpfs           5.0M     0  5.0M   0% /run/lock
tmpfs          1000M     0 1000M   0% /sys/fs/cgroup
tmpfs           200M     0  200M   0% /run/user/1000

df -i

Filesystem      Inodes   IUsed  IFree IUse% Mounted on
udev            253844     322 253522    1% /dev
tmpfs           255835     485 255350    1% /run
/dev/xvda1     5120000 5090759  29241  100% /
tmpfs           255835      10 255825    1% /dev/shm
tmpfs           255835       3 255832    1% /run/lock
tmpfs           255835      16 255819    1% /sys/fs/cgroup
tmpfs           255835       4 255831    1% /run/user/1000

這將是我的 docker-compose：

version: "3"
services:

# MariaDB
    mariadb:
        container_name: mariadb
        image: mariadb
        ports: ['3306:3306']
        restart: always
        volumes:
            - /home/ubuntu/mysql:/var/lib/mysql
        environment:
            - "MYSQL_ROOT_PASSWORD=PasswordGoesHere"
        command:
            # - --memory=1536M
            - --wait_timeout=28800
            - --innodb_buffer_pool_size=1g
            - --innodb_buffer_pool_instances=4
            # - --innodb_buffer_pool_chunk_size=1073741824

# APACHE
    apache:
        container_name: apache
        image: apache-php7.1
        ports: ['80:80', '443:443']
        restart: always
        entrypoint: tail -f /dev/null
        volumes:
            - /home/ubuntu/apache2/apache-config:/etc/apache2/sites-available/
            - /home/ubuntu/apache2/www:/var/www/html/

# MONGODB
    mongodb:
        container_name: mongodb
        image: mongo
        ports: ['27017:27017']
        restart: always
        command:
            - --auth
        volumes:
            - /home/ubuntu/moongodb:/data/db

我的 docker-compose.yml 會不會有問題？ 因為我使用的是物理磁盤而不是虛擬磁盤。 我可以運行應用程序，1-2 小時后 mongo 將再次失敗。

Answer 1

如果您在 centos/RHEL/Amazon Linux 中運行它，您應該知道 devicemapper 在 Docker 中發布 inode 存在重大問題。

即使你修剪了整個 docker 系統，它仍然會掛在很多 inode 上，真正解決這個問題的唯一方法是基本上內爆 docker：

service docker stop
rm -rf /var/lib/docker
service docker start

這應該會釋放您的所有 inode。

我在這方面花了很多時間，Docker 確實只完全支持 Ubuntu overlay2，並且 devicemapper 雖然有效，但在技術上不受支持。

Answer 2

看起來 100% 的 inode 都在使用中（來自df -i輸出）。 嘗試尋找懸空卷並清理它們。 此外，最好確保 docker 守護進程使用生產級存儲驅動程序（關於存儲驅動程序， 選擇存儲驅動程序）。

Answer 3

清理 docker 緩存 - 卷和容器

對我來說它有效：

docker system prune

進而

docker volume prune

---

或在一行中：

docker system prune --volumes

查看所有卷： docker volume ls

顯示 docker 磁盤使用情況： docker system df