將應用程序部署到 shinyapps.io 依賴於自定義 package 本身具有依賴項

Question

我想將 shiny 應用程序部署到shinyapps.io但我幾個月來一直未能全部發布：-(

有人可以逐步向我解釋下面概述的特定設置我需要做什么嗎？

設置

• 該應用程序依賴於位於私有 GitHub 存儲庫中的自定義 package
• I do not have a full-fledged R package repo that is accessible by RStudio Connect in order to install the custom package but would like to install it from GitHub
• .Rprofile文件位於我要發布的項目的根目錄中，它包含

local({
  r <- getOption("repos")
  r["CRAN"] <- "https://cran.rstudio.com/"
  r["mycompany"] <- "https://github.com/rappster/mypkg/"
  options(repos = r)
})

• 自定義 package 的tar.gz構建位於/opt/r-packages/<pkg-name>/<git-commit-hashkey>.tar.gz
• 一個gcfg文件位於/etc/rstudio-connect/rstudio-connect.gcfg中，它只包含SourcePackageDir = "opt/r-packages"
• 自定義 package 本身具有許多在 CRAN 上都可用的依賴項
• shiny 應用程序的代碼位於項目根目錄中的多個文件中，當前對應於自定義的 package 項目（因為我認為這將是最容易進行發布工作），但我也可以將它放在它自己的 RStudio 中/R 項目，如果有幫助的話

盡職調查

我讀了

• 在私有組織倉庫中使用 package 在 shinyapp.io 上部署 shiny 應用程序
• Package 管理在 RStudio 連接
• RStudio 連接配置選項

但無法讓事情正常進行。

RStudio 我得到的連接部署錯誤

<...>
[2019-02-05T11:50:16.877574592+0000] Building R package: mypkg (0.0.2.9002)
/mnt/packages/build /mnt
Warning in untar2(tarfile, files, list, exdir, restore_times) :
  skipping pax global extended headers
* installing to library ‘/opt/R/3.5.1/lib/R/library’
* installing *source* package ‘mypkg’ ...
** R
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) : 
  there is no package called ‘philentropy’
ERROR: lazy loading failed for package ‘climater’
* removing ‘/opt/R/3.5.1/lib/R/library/mypkg’GET /v1/tasks/?filter=account_id:113102&filter=parent_id:584709513&count=100&offset=0 590ms
################################# End Task Log ################################# 
----- Deployment error -----
Error: Unhandled Exception: Child Task 584709513 failed: Error building image: Error building mypkg (0.0.2.9002). Build exited with non-zero status: 1

----- Error stack trace -----
3: stop(status$error, call. = FALSE)
2: client$waitForTask(taskId, quiet)
1: rsconnect::deployApp(appDir = "C:/Users/janko/Dropbox (Personal)/Code/R/Packages/_Dev/mypkg", 
       appFileManifest = "C:/Users/janko/AppData/Local/Temp/6d2a-63b4-2877-4884", 
       account = "janko-thyson", server = "shinyapps.io", appName = "mypkg", 
       appId = 585041, launch.browser = function(url) {
           message("Deployment completed: ", url)
       }, lint = FALSE, metadata = list(asMultiple = FALSE, asStatic = FALSE, 
           ignoredFiles = <...>), 
       logLevel = "verbose")
Error: Unhandled Exception: Child Task 584709513 failed: Error building image: Error building mypkg (0.0.2.9002). Build exited with non-zero status: 1
Execution halted

這是否意味着我需要構建所有包的依賴項並將其放在opt/<pkg-dependency-name>/<git-commit-hashkey>.tar.gz ？

抱歉，萬一這是重復的，或者似乎有點非結構化/冗長，但我的腦袋完全在旋轉，試圖讓它工作，我不知道從哪里開始進行故障排除......

Answer 1

使用自定義 package 和 RStudio 部署 shiny 應用程序

• 在您的應用項目中使用renv
• 在 GitHub 中生成個人訪問令牌
• 修改.Rprofile （在您的項目目錄中）以顯示：

source("renv/activate.R")
local({
  r <- getOption("repos")
  r["CRAN"] <- "https://cran.rstudio.com/"
  r["mycompany"] <- "https://github.com/<your_user>/<your_repo>/"
  options(repos = r)
})

• 在您的項目中，打開 R 終端並安裝您的 package：

devtools::install_github("<my_user>/<my_repo>",
    auth_token = "<paste_your_token_here>",
    upgrade = "never") #this is optional, 
# but since you are using renv, you may want to conserve 
# your environment

這將在 renv 中安裝您的renv

重要提示：不要在要上傳到 shiny.io 或類似的源代碼中包含上一行閱讀有關它

• 發布您的應用程序。

完成此操作后， rsconnect應該能夠從您的源代碼中讀取您的包並從您的renv上傳它們。 實際上，第一次 shiny.io 構建我的 package 時，出現超時並沒有上傳應用程序。 但是，它在它的環境中安裝了我的自定義 package，我第二次嘗試上傳應用程序時，它工作了。

注意：就我而言，我的 package 位於公共 github 存儲庫中。 尚未嘗試使用私有存儲庫，但我知道shiny.io中有一個選項可將服務器連接到私有存儲庫。 我認為您還需要配置您的個人訪問令牌，以便可以使用它來讀取私有存儲庫。