如何從本地 R 連接到在 Docker 容器中運行的 PostgreSQL？

Question

我有一個運行 PostgreSQL 的本地 Docker 容器。 我希望能夠從在我的主機 (Mac OS) 上運行的 R 連接到這個數據庫並與之交互。

我可以通過以下地址使用 pgadmin4 連接

http://0.0.0.0:5434/browser/

然后添加一個新服務器：

添加新服務器。 常規選項卡 --> 名稱：標簽庫。 連接選項卡 --> 主機名/地址：postgres。 連接選項卡 --> 端口：5432。連接選項卡 --> 維護數據庫：postgres。 連接選項卡 --> 用戶名：tagbase

這完美地工作。

但是，要從 RI 連接，請嘗試：

require("RPostgreSQL")

# load the PostgreSQL driver
drv <- dbDriver("PostgreSQL")

# create a connection to the postgres database
con <- RPostgreSQL::dbConnect(drv, dbname = "postgres",
                 host = "localhost", port = 5434,
                 user = "tagbase", password = "tagbase")

這個嘗試只是掛起，直到它使 R 崩潰。

也許可行的解決方案與此類似。 非常感謝您的幫助。

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編輯 - 20190207

感謝您的評論。 我進行了更改但沒有任何改進，但同意這些更改是必要的。

我通過終端成功啟動了這個 docker 網絡（3 個容器），如下所示。 在我看來，我想連接到端口 5432 上 0.0.0.0 的 postgres 容器，對嗎？

$ docker-compose up
Starting tagbase-server_postgres_1_3f42d4fc1a77 ... done
Starting tagbase-server_pgadmin4_1_52ab92a49f22 ... done
Starting tagbase-server_tagbase_1_9d3a22c8be46  ... done
Attaching to tagbase-server_postgres_1_3f42d4fc1a77, tagbase-server_pgadmin4_1_52ab92a49f22, tagbase-server_tagbase_1_9d3a22c8be46
postgres_1_3f42d4fc1a77 | 2019-02-05 19:35:45.999 UTC [1] LOG:  listening on IPv4 address "0.0.0.0", port 5432

我以為我是通過 R 連接到服務器，就像我使用 pgadmin 所做的那樣，但以下內容似乎不起作用：

# create a connection to the postgres database
con <- DBI::dbConnect(RPostgreSQL::PostgreSQL(), dbname = "postgres",
                  host = "0.0.0.0", port = 5432,
                  user = "tagbase", password = "tagbase")

Error in postgresqlNewConnection(drv, ...) : 
RS-DBI driver: (could not connect tagbase@0.0.0.0:5432 on dbname "postgres": 
FATAL:  role "tagbase" does not exist)

我現在意識到 pgadmin 也在 docker 容器網絡中運行。 因此，pgadmin 連接的本地主機是數據庫服務器。 好像我需要像解決這個

請注意 docker 構建的源代碼在此處，請按照此處的說明進行操作。

Answer 1

如果要從 docker 世界之外直接連接到 docker 內的 postgres 數據庫，則必須在 postgres docker 上公開一個端口。 所以首先，您需要編輯文件“Dockerfile-postgres”，並添加EXPOSE 5432

FROM postgres:10

COPY ./sqldb/tagbase-schema.sql /docker-entrypoint-initdb.d/
# Expose default postgres port
EXPOSE 5432

然后根據提供的說明構建並運行dockers （檢查於 2019 年 10 月 6 日）

$ docker-compose build
$ docker-compose up

使用 pgAdmin 添加數據庫

添加新服務器  常規選項卡 --> 名稱：tagbase  連接選項卡 --> 主機名/地址：postgres  連接選項卡 --> 端口：5432  連接選項卡 --> 維護數據庫：postgres  連接選項卡 --> 用戶名: 標簽庫

根據數據庫名稱和端口編輯您的 R 腳本：

# install.packages('RPostgreSQL')
library(RPostgreSQL)

# load the PostgreSQL driver
drv <- dbDriver("PostgreSQL")

# create a connection to the postgres database
con <- RPostgreSQL::dbConnect(drv, dbname = "tagbase",
                              host = "localhost", port = 5432,
                              user = "tagbase", password = "tagbase")

# Test query
temp <- dbGetQuery(con, 'select * from public.metadata_types')

# Evaluate output
str(temp)
# 'data.frame': 142 obs. of  8 variables:
#   $ attribute_id  : num  1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ...
# $ category      : chr  "instrument" "instrument" "instrument" "instrument" ...
# $ attribute_name: chr  "instrument_name" "instrument_type" "firmware" "manufacturer" ...
# $ type          : chr  "string" "string" "string" "string" ...
# $ description   : chr  "Append an identifer that is unique within your organization. This is essential if a device is recycled." "Type of instrument" "Version number of the firmware used to build the device" "Name of manufacturer" ...
# $ example       : chr  "16P0100-Refurb2" "archival, popup, satellite, acoustic tag, or acoustic receiver" NA "Wildlife Computers, Microwave Telemetry, Lotek Wireless, Desert Star Systems, CEFAS, StarOddi, Sea Mammal Resea"| __truncated__ ...
# $ comments      : chr  "Devices might be reused, so the serial number will be the same. The only way to distinguish is by providing a u"| __truncated__ "Should be restricted to the examples provided." NA NA ...
# $ necessity     : chr  "required" "required" "required" "required" ...

# Disconnect from database
dbDisconnect(con)