使用venn.diagram包的面積比例維恩圖

Question

我讀完另一個封閉的線程以評論說，可以使用R中的venn.diagram包創建面積比例維恩圖。

我將代碼修改為適合我的數據（基因列表），但是圓圈的面積與數據向量的長度無關。

有解決這個問題的建議嗎？

謝謝！ 代碼和下面的輸出。

代碼樣本

venn.diagram(x = list(G015_All, G08_Female, G015_Male),
                 na = "remove",
                 category.names = c("G015_All", "G08_Female", "G015_Male"),
                 fill = c('lightyellow', 'paleturquoise', 'lightgreen'),
                 alpha = c(0.5, 0.5, 0.5),
                 cex = 2,
                 cat.fontface = 4,
                 lty =2,
                 fontfamily =3,
                 filename = "VennPlot.png",
                 imagetype = "png",
                 output = T)

OUTPUT

Answer 1

有幾個R軟件包可以做到這一點，每個軟件包都有不同的方法。 我自己的嘗試， nVennR繪制了比例圓，這些圓被圖中的線包圍。 您可以閱讀插圖，以獲取有關如何使用它的示例。 還有一個最多可容納六套的網絡服務器 。 我試圖重現您作為示例顯示的圖表。 我必須手動輸入設置的尺寸，但是該圖也可以像您的示例一樣從列表中生成（如插圖所示）：

> library(nVennR)
> myV <- createVennObj(nSets = 3, sNames = c("G015_All", "G08_Female", "G015_Male"), sSizes = c(0, 7, 5212, 35, 1, 0, 2, 37))
> myV <- plotVenn(nVennObj = myV, setColors=c('yellow', 'turquoise', 'green')) 

結果：

只是幾件事。 首先，我改變了顏色。 nVennR使用不透明度來混合顏色，因此默認情況下會獲得較暗的顏色。 其次，小套的形狀並不完美。 這與填充圓圈的算法有關，並且僅在極少數情況下才會發生，例如組大小的極端不平衡。